BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	57551 =	118 (1.200)	12 (0.140)	10/144	NT	11.0%	coding (618/621 nt)	USA300HOU_RS00240	hypothetical protein
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Only 100 of 145 total aligned reads displayed.

AATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTCAG  >  USA300TCH1516_ALE/57510‑57690

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 atattaataAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTg                                                                                           <  1:1242636/91‑1 (MQ=255)

 atattaataAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTg                                                                                           <  1:4071319/91‑1 (MQ=255)

 atattaataAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTg                                                                                           >  1:3303170/1‑91 (MQ=255)

 atattaataAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTg                                                                                           >  1:3197070/1‑91 (MQ=255)

    ttaataAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGaaa                                                                                        <  1:195221/91‑1 (MQ=255)

     taataaAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGaaaa                                                                                       <  1:2723003/91‑1 (MQ=255)

      aataaAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAg                                                                                      >  1:2454774/1‑91 (MQ=255)

         aaaGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTAt                                                                                   <  1:2336011/91‑1 (MQ=255)

         aaaGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTAt                                                                                   <  1:2336585/91‑1 (MQ=255)

          aaGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATc                                                                                  >  1:3736524/1‑91 (MQ=255)

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          aaGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATc                                                                                  >  1:1679495/1‑91 (MQ=255)

           aGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCa                                                                                 <  1:635155/91‑1 (MQ=255)

           aGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCa                                                                                 <  1:4093219/91‑1 (MQ=255)

            gATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCaa                                                                                >  1:76239/1‑91 (MQ=255)

            gATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCaa                                                                                >  1:3752598/1‑91 (MQ=255)

              tGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGt                                                                              >  1:2153840/1‑91 (MQ=255)

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                aaTTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGtta                                                                            >  1:865462/1‑91 (MQ=255)

                 aTTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGttaa                                                                           <  1:2870736/91‑1 (MQ=255)

                 aTTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGttaa                                                                           >  1:3418125/1‑91 (MQ=255)

                  tttGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGttaat                                                                          >  1:2062191/1‑91 (MQ=255)

                  tttGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGttaat                                                                          <  1:361255/91‑1 (MQ=255)

                   ttGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGttaatt                                                                         >  1:662297/1‑91 (MQ=255)

                     gAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGttaattaa                                                                       >  1:2439435/1‑91 (MQ=255)

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                        atatTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAAttaattt                                                                    >  1:3878289/1‑91 (MQ=255)

                        atatTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAAttaattt                                                                    <  1:3698595/91‑1 (MQ=255)

                        atatTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAAttaattt                                                                    <  1:935483/91‑1 (MQ=255)

                          atTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAAttaatttaa                                                                  <  1:1358335/91‑1 (MQ=255)

                              gTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATg                                                              <  1:730434/91‑1 (MQ=255)

                                 aaTGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCtt                                                           <  1:2045456/91‑1 (MQ=255)

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                                 aaTGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCtt                                                           <  1:1934121/91‑1 (MQ=255)

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                                       ttATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAg                                                     <  1:359777/91‑1 (MQ=255)

                                       tcaataaaaaacagagcacctccataacgtggaggatgctctattttttatTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAg                                                     >  1:253064‑M2/52‑91 (MQ=255)

                                       tcaataaaaaacagagcacctccataacgtggaggatgctctattttttatTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAg                                                     >  1:1574494‑M2/52‑91 (MQ=255)

                                         aataaaaaacagagcacctccataacgtggaggatgctctattttttatTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGtt                                                   >  1:2826777‑M2/50‑91 (MQ=255)

                                         ATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAATAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGtt                                                   >  1:3500011‑M1/1‑91 (MQ=255)

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                                              aaacagagcacctccataacgtggaggatgctctatttttttatTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTAcc                                              >  1:1756347‑M2/45‑91 (MQ=255)

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                                                                cGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGc                            >  1:253674/1‑91 (MQ=255)

                                                                 gTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCt                           >  1:161898/1‑91 (MQ=255)

                                                                  ttATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCtt                          <  1:3415305/91‑1 (MQ=255)

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                                                                              tctGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGAtctc              <  1:610763/91‑1 (MQ=255)

                                                                               ctGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAGTAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATctct             >  1:3306438/1‑91 (MQ=255)

                                                                               ctGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATctct             >  1:1749891/1‑91 (MQ=255)

                                                                                 gTTTTTTATTGAGAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTa           >  1:3202624/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  ttttttatTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTAt          >  1:2125626‑M2/9‑91 (MQ=255)

                                                                                   tttttatTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATg         <  1:2438359‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                   tttttatTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATg         <  1:2435688‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                      ttatTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTAc      <  1:2034951‑M2/87‑1 (MQ=255)

                                                                                        atTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTc    <  1:2834990‑M2/89‑1 (MQ=255)

                                                                                        atTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTc    >  1:3378612‑M2/3‑91 (MQ=255)

                                                                                        atTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTc    <  1:1474123‑M2/89‑1 (MQ=255)

                                                                                         tTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTactga   <  1:852593‑M2/90‑3 (MQ=255)

                                                                                         tTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTCa   <  1:3682829‑M2/90‑1 (MQ=255)

                                                                                          tGACAAGTATCAAGGTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCGCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACtgag  <  1:3740885/91‑4 (MQ=255)

                                                                                          tGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACtgag  <  1:183830/91‑4 (MQ=255)

AATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTCAG  >  USA300TCH1516_ALE/57510‑57690

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.