| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 75971 = | 69 (0.700) | 16 (0.200) | 11/128 | NT | 21.3% | intergenic (+29/‑244) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 76020 = | 63 (0.800) | intergenic (+78/‑195) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
GATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/76075‑75971‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCA > USA300TCH1516_ALE/76020‑76109 GATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG > 1:1080022/1‑91GATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 1:1121759/91‑1 ATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGT > 1:441013/1‑91 ATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGT > 1:3357486/1‑91 TACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTA > 1:1271121/1‑91 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CAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCT > 1:157457/1‑91 AGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTT > 1:3031893/1‑91 CAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTT < 1:2706915/91‑1 AATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTT > 1:3815541/1‑91 AATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTT > 1:2669449/1‑91 AATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTT > 1:1205066/1‑91 TTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTT > 1:3955701/1‑91 AATAAAAAAGCCTAAATACTCTATCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAA > 1:3444842/1‑91 AATAAAAAAGCATAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAA > 1:3444791/1‑91 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TCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCA > 1:1613100/1‑91 CTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCAC > 1:355304/1‑91 CTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCAC > 1:1262979/1‑91 CTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTT > 1:251619/1‑91 GTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAA > 1:3016381/1‑91 TATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAG > 1:3662251/1‑91 ATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGT > 1:2426521/1‑91 TTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTG > 1:2907936/1‑91 TTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTG < 1:1301109/91‑1 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TTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTATTCCc < 1:551109/91‑2 GATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/76075‑75971‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCA > USA300TCH1516_ALE/76020‑76109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |