| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 75971 = | 69 (0.700) | 16 (0.200) | 11/128 | NT | 21.3% | intergenic (+29/‑244) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 76020 = | 63 (0.800) | intergenic (+78/‑195) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
TAGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATT > USA300TCH1516_ALE/75881‑76061 | tAGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCA > 1:1003972‑M1/1‑91 (MQ=255) ggattactaacactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataaa > 1:433627‑M1/90‑91 (MQ=255) ggAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAA > 1:2953632‑M1/1‑91 (MQ=255) gattactaacactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataaaa < 1:1927453‑M1/3‑1 (MQ=255) agaTGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAA < 1:30326‑M1/91‑1 (MQ=255) actaacactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaagaataAAAAAGc < 1:3765475‑M1/7‑1 (MQ=255) tGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCGAAAAGCC > 1:2073104‑M1/1‑91 (MQ=255) ctaacactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGcc > 1:1715483‑M1/84‑91 (MQ=255) ctaacactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGcc > 1:2542922‑M1/84‑91 (MQ=255) gTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCT < 1:3053763‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCT > 1:4130337‑M1/1‑91 (MQ=255) tACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:942853‑M1/91‑1 (MQ=255) tACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:3838048‑M1/91‑1 (MQ=255) cactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTaaa < 1:1301109‑M1/12‑1 (MQ=255) cactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTaaa > 1:2907936‑M1/80‑91 (MQ=255) acacATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAA < 1:824705‑M1/91‑1 (MQ=255) cacaTAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAAT < 1:319478‑M1/91‑1 (MQ=255) actttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAAt > 1:2426521‑M1/79‑91 (MQ=255) ctttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATa > 1:3662251‑M1/78‑91 (MQ=255) tttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATAc > 1:3016381‑M1/77‑91 (MQ=255) aaGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACttt < 1:1167915/91‑1 (MQ=255) aGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTtc > 1:2914286/1‑91 (MQ=255) aGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTtc > 1:457714/1‑91 (MQ=255) tGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTcac < 1:1586506/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTcac < 1:2492234/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTcac < 1:1564302/91‑1 (MQ=255) gCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTcaca < 1:191117/91‑1 (MQ=255) cTAAAAGCAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACaa < 1:2074487/91‑1 (MQ=255) tAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACaaa > 1:2229047/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAAt > 1:3716665/1‑91 (MQ=255) agaagTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCga > 1:1868591/1‑91 (MQ=255) agaagTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCga > 1:1704386/1‑91 (MQ=255) gaagTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgag < 1:513650/91‑1 (MQ=255) aagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgag > 1:251619‑M1/61‑91 (MQ=255) aagTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgaga < 1:2515448/91‑1 (MQ=255) gtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgagag > 1:355304‑M1/59‑91 (MQ=255) tgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgagaga > 1:1062200‑M1/58‑91 (MQ=255) tgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgagaga > 1:1613100‑M1/58‑91 (MQ=255) gTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGa > 1:333759‑M2/1‑90 (MQ=255) ttCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaag < 1:3202946‑M1/91‑20 (MQ=255) ttCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaag < 1:2625640‑M1/91‑20 (MQ=255) ttCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGag < 1:263064‑M2/91‑3 (MQ=255) tCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagt < 1:1513995‑M1/91‑21 (MQ=255) cTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagta < 1:2382726‑M2/91‑5 (MQ=255) cTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagta < 1:199941‑M2/91‑5 (MQ=255) tGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtat < 1:3101181‑M1/91‑23 (MQ=255) 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aaTTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTa > 1:584802/1‑91 (MQ=255) ttCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAat > 1:3816089/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAata < 1:1406215/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAata < 1:611353/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttgaattaataaatttctttcttcttatgtttatttaacaatta < 1:1959687‑M1/91‑76 (MQ=255) AAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATAtt > 1:2669449‑M1/1‑91 (MQ=255) | TAGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATT > USA300TCH1516_ALE/75881‑76061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |