| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 75971 = | 69 (0.700) | 16 (0.200) | 11/128 | NT | 21.3% | intergenic (+29/‑244) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 76020 = | 63 (0.800) | intergenic (+78/‑195) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
AATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAG > USA300TCH1516_ALE/75930‑76110 | aaTTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCtttttt < 1:4120665/91‑1 (MQ=255) aTTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTa > 1:1628467/1‑91 (MQ=255) attagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAt > 1:2015836‑M1/40‑91 (MQ=255) ttagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTATGCTTTTTTAtt > 1:3444791‑M1/39‑91 (MQ=255) gTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTCAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttt > 1:3296778/1‑91 (MQ=255) gTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttt < 1:1874253/91‑1 (MQ=255) ttAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttt < 1:1061282/91‑1 (MQ=255) taaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttt < 1:1396317/91‑1 (MQ=255) taaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttt < 1:1581465/91‑1 (MQ=255) aataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttttt > 1:255882/1‑91 (MQ=255) taaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaa < 1:365563/91‑1 (MQ=255) aCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaataa > 1:3623330/1‑91 (MQ=255) aCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaataa > 1:2612750/1‑91 (MQ=255) aCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaataa > 1:2262433/1‑91 (MQ=255) cATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATaaa > 1:1001947/1‑91 (MQ=255) cATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATaaa < 1:2903044/91‑1 (MQ=255) cATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATaaa < 1:167175/91‑1 (MQ=255) tAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACg > 1:508974/1‑91 (MQ=255) aagaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGt > 1:585145/1‑91 (MQ=255) aagaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGt > 1:566708/1‑91 (MQ=255) aagaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGt > 1:1247027/1‑91 (MQ=255) agaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTa > 1:1566882/1‑91 (MQ=255) gaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTaa < 1:881372/91‑1 (MQ=255) gaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTaa < 1:2025736/91‑1 (MQ=255) aaGTAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATGAACGTAATGAAt < 1:3211266/91‑1 (MQ=255) aaaTTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTa > 1:1025844/1‑91 (MQ=255) ttattaATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAatat > 1:3441338/1‑91 (MQ=255) ttattaATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAatat < 1:1197514/91‑1 (MQ=255) attaATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATaa > 1:3662301/1‑91 (MQ=255) aaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATaa > 1:3955701‑M1/9‑91 (MQ=255) aaTTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTa > 1:584802/1‑91 (MQ=255) aaTTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTa > 1:2479396/1‑91 (MQ=255) aataaaaaagcctaaatactctatcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTaa > 1:3444842‑M2/54‑91 (MQ=255) aataaaaaagcataaatactctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTaa > 1:3444791‑M2/54‑91 (MQ=255) ttCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAat > 1:3816089/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAata < 1:1406215/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAata < 1:611353/91‑1 (MQ=255) AAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATAtt > 1:2669449‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaagcctaaatactctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtg > 1:1458206‑M2/49‑91 (MQ=255) AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtg < 1:2706915‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtgct > 1:3031893‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAACATtgctg < 1:2065347‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtgctgc > 1:3192554‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtgctgc < 1:249645‑M1/91‑1 (MQ=255) cctaaatactctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCa > 1:3692471‑M2/44‑91 (MQ=255) CCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCa > 1:2227067‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCa < 1:2409909‑M1/91‑1 (MQ=255) ctaaatactctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCAc > 1:2579778‑M2/43‑91 (MQ=255) CTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCAc > 1:3254157‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCAc > 1:1424641‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCAcc > 1:3928745‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCt > 1:2687519‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCt > 1:1254513‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCt < 1:207909‑M1/91‑1 (MQ=255) AATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTg > 1:1736052‑M1/1‑91 (MQ=255) AATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTg > 1:3404103‑M1/1‑91 (MQ=255) TACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTa > 1:1271121‑M1/1‑91 (MQ=255) ACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTAt > 1:3357486‑M1/1‑91 (MQ=255) ctctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATc > 1:442344‑M2/36‑91 (MQ=255) CTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATc < 1:1121759‑M1/91‑1 (MQ=255) tctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCa > 1:1062200‑M2/35‑91 (MQ=255) tctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCa > 1:1613100‑M2/35‑91 (MQ=255) tctcACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACt < 1:3829854/91‑1 (MQ=255) tctcACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACt > 1:198534/1‑91 (MQ=255) tctcACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACt > 1:198610/1‑91 (MQ=255) ctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACtt > 1:251619‑M2/32‑91 (MQ=255) ctcACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACtt < 1:3964367/91‑1 (MQ=255) ctcACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACtt < 1:3964661/91‑1 (MQ=255) ctcACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACtt > 1:1058586/1‑91 (MQ=255) tcACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTa > 1:3464133/1‑91 (MQ=255) cacaAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAg < 1:31703/91‑1 (MQ=255) cacaAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAg < 1:30949/91‑1 (MQ=255) acaAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGa < 1:2014503/91‑1 (MQ=255) acaAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGa < 1:496028/91‑1 (MQ=255) aaTCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACa > 1:886089/1‑91 (MQ=255) aTCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAg < 1:2245015/91‑1 (MQ=255) tCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGc > 1:1468288/1‑91 (MQ=255) tCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGc > 1:1760934/1‑91 (MQ=255) 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gctttttTATTATTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGt < 1:3761489‑M2/84‑1 (MQ=255) tttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATc < 1:1927453‑M2/88‑1 (MQ=255) tttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATc < 1:1926762‑M2/88‑1 (MQ=255) ttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATcc > 1:433627‑M2/3‑91 (MQ=255) ttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATcc > 1:2696394‑M2/3‑91 (MQ=255) tTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTATtccc < 1:551109‑M2/90‑2 (MQ=255) | AATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAG > USA300TCH1516_ALE/75930‑76110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |