| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 75986 | 68 (0.690) | 21 (0.270) | 11/128 | NT | 26.3% | intergenic (+44/‑229) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 76003 | 63 (0.800) | intergenic (+61/‑212) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
TAGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/75881‑75986‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaagcctaaatactCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAAC < USA300TCH1516_ALE/76003‑75914 TAGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCA > 1:1003972/1‑91 AGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAA > 1:1149991/1‑91 GGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAA > 1:2953632/1‑91 GGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAA > 1:2953622/1‑91 GAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAA > 1:981681/1‑91 AGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAA < 1:30326/91‑1 AGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAA < 1:30852/91‑1 GATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAG < 1:2517660/91‑1 TGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCGAAAAGCC > 1:2073104/1‑91 GTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCT < 1:3053763/91‑1 GTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCT > 1:4130337/1‑91 TACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA > 1:2344853/1‑91 TACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:3838048/91‑1 TACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:1174713/91‑1 TACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:943099/91‑1 TACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:942853/91‑1 ACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAA < 1:824705/91‑1 ACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAA > 1:2514513/1‑91 CACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAACAGCCTAAAT > 1:3972638/1‑91 CACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAAT < 1:860846/91‑1 CACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAAT < 1:319478/91‑1 GTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA < 1:3818999/91‑1 GTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA < 1:2411820/91‑1 TTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 1:739607/91‑1 TTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 1:2625683/91‑1 TTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 1:2625640/91‑1 TTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 1:424951/91‑1 TTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 1:3202946/91‑1 TCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGT < 1:1513995/91‑1 TCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGT < 1:3583819/91‑1 TGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTAT < 1:3101181/91‑1 GTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATT < 1:2613712/91‑1 GTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATT < 1:1181546/91‑1 TCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTT < 1:2999468/91‑1 TCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTT < 1:2998257/91‑1 TCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTT < 1:2998228/91‑1 CCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTA < 1:3647273/91‑1 CCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTA < 1:3647295/91‑1 AGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGC < 1:1199347/91‑1 TTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTA < 1:3373039/91‑1 TAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAA < 1:2480086/91‑1 GAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACT < 1:1037538/91‑1 AAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTTCTTCTTATGTTTATTTAACAATTA < 1:1959687/91‑1 AAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTA > 1:145291/1‑91 AAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTA > 1:1557520/1‑91 AAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTA > 1:3571807/1‑91 AAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTA > 1:3634117/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG > 1:4029445/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG > 1:2894781/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG > 1:796395/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG > 1:1808211/1‑91 AAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGT < 1:3842627/91‑1 AAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGT > 1:2574415/1‑91 AAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTA < 1:276923/91‑1 AAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTA < 1:1885144/91‑1 AAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTA < 1:1948877/91‑1 AAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTA > 1:2562818/1‑91 AAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTA < 1:2716792/91‑1 AAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTA < 1:276733/91‑1 GCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACT < 1:1896546/91‑1 CCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTG < 1:474498/91‑1 CTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGG > 1:1575681/1‑91 CTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGG < 1:1367361/91‑1 TAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGG < 1:1957425/91‑1 ATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACA < 1:1308186/91‑1 TACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAG < 1:3715523/91‑1 TACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAG < 1:199941/91‑1 TACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAG < 1:2382726/91‑1 TACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAG < 1:2382800/91‑1 TACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAG < 1:2747944/91‑1 CTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAA > 1:821470/1‑91 CTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAA < 1:1564291/91‑1 CTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAA < 1:263064/91‑1 TCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAAC > 1:333759/1‑91 TAGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/75881‑75986‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaagcctaaatactCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAAC < USA300TCH1516_ALE/76003‑75914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |