| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 75986 | 68 (0.690) | 21 (0.270) | 11/128 | NT | 26.3% | intergenic (+44/‑229) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 76003 | 63 (0.800) | intergenic (+61/‑212) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
AAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCA > USA300TCH1516_ALE/75898‑76076 | aaGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACttt > 1:1419567/1‑91 (MQ=255)aaGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACttt < 1:1167915/91‑1 (MQ=255) aGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTtc > 1:2913394/1‑91 (MQ=255) aGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTtc > 1:457714/1‑91 (MQ=255) ttGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTca < 1:2632491/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTcac < 1:1586506/91‑1 (MQ=255) gCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTcaca < 1:191117/91‑1 (MQ=255) cTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACaa < 1:2074460/91‑1 (MQ=255) aaaaGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAAt > 1:3716665/1‑91 (MQ=255) agaagTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCga > 1:1704386/1‑91 (MQ=255) agaagTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCga > 1:1868189/1‑91 (MQ=255) aagTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgaga > 1:3001987/1‑91 (MQ=255) gtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgagag > 1:355304‑M1/59‑91 (MQ=255) gtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgagag > 1:1262979‑M1/59‑91 (MQ=255) tgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgagaga > 1:1062200‑M1/58‑91 (MQ=255) tgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgagaga > 1:1613100‑M1/58‑91 (MQ=255) ttCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaag < 1:424951‑M1/91‑20 (MQ=255) ttCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaag < 1:2625683‑M1/91‑20 (MQ=255) ttCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaag < 1:2625640‑M1/91‑20 (MQ=255) ttCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGag < 1:1564291‑M2/91‑3 (MQ=255) tCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagt < 1:1513995‑M1/91‑21 (MQ=255) cTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagta < 1:2747944‑M2/91‑5 (MQ=255) cTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagta < 1:2382726‑M2/91‑5 (MQ=255) cTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagta < 1:2382800‑M2/91‑5 (MQ=255) tCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtattt < 1:2999468‑M1/91‑25 (MQ=255) tCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtattt < 1:2998257‑M1/91‑25 (MQ=255) tCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtattt < 1:2998228‑M1/91‑25 (MQ=255) tgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAgg > 1:3692471‑M1/49‑91 (MQ=255) cAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttagg < 1:474498‑M2/91‑11 (MQ=255) aGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtatttaggc < 1:1199347‑M1/91‑29 (MQ=255) aGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggc < 1:1896546‑M2/91‑12 (MQ=255) tACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctt < 1:1948877‑M2/91‑14 (MQ=255) tACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctt > 1:2562818‑M2/1‑78 (MQ=255) tACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctt < 1:1885144‑M2/91‑14 (MQ=255) tACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctt < 1:2716792‑M2/91‑14 (MQ=255) aCTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggcttt > 1:2574415‑M2/1‑77 (MQ=255) caatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCtttt > 1:2013721‑M1/44‑91 (MQ=255) cTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctttt > 1:2894781‑M2/1‑76 (MQ=255) cTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctttt > 1:4029445‑M2/1‑76 (MQ=255) tAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggcttttt > 1:3634117‑M2/1‑75 (MQ=255) tAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggcttttt > 1:1557520‑M2/1‑75 (MQ=255) tAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggcttttt > 1:3571807‑M2/1‑75 (MQ=255) tAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggcttttt > 1:145291‑M2/1‑75 (MQ=255) ttagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTATGCTTTTTTAtt > 1:3444791‑M1/39‑91 (MQ=255) gTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTCAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttt > 1:3296778/1‑91 (MQ=255) gTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttt < 1:1874253/91‑1 (MQ=255) ttAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttt < 1:1061039/91‑1 (MQ=255) aaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttttt > 1:1392706/1‑91 (MQ=255) aCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaataa > 1:2612750/1‑91 (MQ=255) aCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaataa > 1:3623330/1‑91 (MQ=255) cATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATaaa < 1:167175/91‑1 (MQ=255) cATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATaaa > 1:1001947/1‑91 (MQ=255) aTAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAAc < 1:2875974/91‑1 (MQ=255) aagaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGt > 1:566708/1‑91 (MQ=255) aagaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGt > 1:3036852/1‑91 (MQ=255) aagaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGt > 1:585684/1‑91 (MQ=255) agaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTa > 1:1566882/1‑91 (MQ=255) gaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttgaattaataaatttcttact < 1:1037538‑M1/91‑54 (MQ=255) gaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTaa < 1:2025736/91‑1 (MQ=255) aaGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAt < 1:224530/91‑1 (MQ=255) aGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAtt > 1:865273/1‑91 (MQ=255) gAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAttt < 1:2556725/91‑1 (MQ=255) 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ACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTAt > 1:441013‑M1/1‑91 (MQ=255) ctctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaattagtactgggacagaa < 1:263064‑M1/91‑90 (MQ=255) ctctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaattagtactgggacagaa > 1:821470‑M1/1‑2 (MQ=255) cTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaattagtactgggacagaa < 1:3202946‑M2/91‑73 (MQ=255) tttCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaattagtactgggacagaac < 1:2411820‑M2/91‑74 (MQ=255) tctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaattagtactgggacagaac > 1:333759‑M1/1‑1 (MQ=255) | AAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCA > USA300TCH1516_ALE/75898‑76076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |