| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 146925 | 95 (0.970) | 7 (0.080) | 5/142 | NT | 7.6% | intergenic (+71/‑141) | USA300HOU_RS00660/butA | hypothetical protein/Diacetyl reductase [(S)‑acetoin forming] |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 146945 | 87 (1.000) | intergenic (+91/‑121) | USA300HOU_RS00660/butA | hypothetical protein/Diacetyl reductase [(S)‑acetoin forming] | |||||
AAAAGACCATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/146827‑146925‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaaacgcaCTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTAGTTTGTC < USA300TCH1516_ALE/146945‑146856 AAAAGACCATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCACCATCAGAACTTTTAAAACGACATT < 1:1234685/91‑1 AAAGACCATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTT > 1:3132901/1‑91 AAGACCATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTA > 1:1324884/1‑91 AAGACCATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAAGCGAGAGACTTAAACAAATAATATTCAATATAAGAACTTTTAAAACGAGATTTA > 1:3863530/1‑91 AGACCATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAA < 1:3914558/91‑1 AGACCATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAA < 1:1628682/91‑1 CCATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACG < 1:719942/91‑1 CATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGC < 1:3085851/91‑1 CATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGC > 1:4067929/1‑91 CATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGC < 1:1921748/91‑1 ATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGCA > 1:2023146/1‑91 ATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGCA < 1:2033551/91‑1 ATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGCA < 1:510471/91‑1 GACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAAT < 1:448905/91‑1 GACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAAT < 1:449915/91‑1 AAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCG < 1:1721541/91‑1 ACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTT < 1:885100/91‑1 ACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTT < 1:2492440/91‑1 TAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTA < 1:2143269/91‑1 CGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTCAAAACGACATTTAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATG < 1:1485189/91‑1 TTAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATT < 1:3412137/91‑1 TTAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATGTTTTTAAGTCTCTCGATT > 1:3005294/1‑91 TAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTA < 1:1176751/91‑1 TAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTA > 1:267763/1‑91 TAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTA < 1:1581612/91‑1 TAAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTA < 1:3064181/91‑1 AAACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTAG < 1:553714/91‑1 AACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTAGT > 1:2420325/1‑91 AACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTAGT > 1:2172626/1‑91 AACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTAGT > 1:3756557/1‑91 AACGCACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTAGT > 1:1385345/1‑91 CACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTAGTTTGT > 1:2447159/1‑91 CACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTAGTTTGT < 1:1291954/91‑1 ACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTAGTTTGTC > 1:3777142/1‑91 ACTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTAGTTTGTC > 1:82097/1‑91 AAAAGACCATGTCTCGAAAAAAGATTGATGACAAACTAATCGAGAGACTTAAAAAAATAATATTCAACATAAGAACTTTTAAAACGACATTTAAACGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/146827‑146925‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaaacgcaCTACCATTAGTGATTGGCAATGCGTTTAAATGTCGTTTTAAAAGTTCTTATGTTGAATATTATTTTTTTAAGTCTCTCGATTAGTTTGTC < USA300TCH1516_ALE/146945‑146856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |