| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 173490 = | 94 (0.960) | 6 (0.070) | 5/146 | NT | 7.1% | coding (2390/2610 nt) | adhE | Aldehyde‑alcohol dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 173521 = | 72 (0.800) | coding (2421/2610 nt) | adhE | Aldehyde‑alcohol dehydrogenase | |||||
TTTAATTCTTCTTCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TCTACGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/173586‑173490‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctacgaATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAAATGAGTCAATTGATAGAATGGCA > USA300TCH1516_ALE/173521‑173608 TTTAATTCTTCTTCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑T < 1:1995187/91‑1 TTAATTCTTCTTCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TC < 1:1026454/91‑1 TTAATTCTTCTTCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TC < 1:4140966/91‑1 TTAATTCTTCTTCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TC < 1:4141181/91‑1 AATTCTTCTTCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TCTA < 1:694250/91‑1 ATTCTTCTTCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TCTAC > 1:2014982/1‑91 ATTCTTCTTCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TCTAC > 1:3704806/1‑91 TTCTTCTTCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TCTACG < 1:20695/91‑1 CTTCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGA‑ATCATTAGCTAAAGCTGTCTACGAATTA < 1:3171533/91‑1 TCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGA‑ATCATTAGCTAAAGCTGTCTACGAATTAGG < 1:3095295/91‑1 TAATTCGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TCTACGAATTAGGCCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAG > 1:3171576/1‑91 CGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TCTACGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAA > 1:1085142/1‑91 TAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TCTACGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATT > 1:3779829/1‑91 GACAGCTTTAGCTAATGAT‑TCTACGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAA > 1:2102160/1‑91 GACAGCTTTAGCTAATGAT‑TCTACGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAA > 1:3879346/1‑91 TCTACGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAAATGAGTCAATTGATAGAAT > 1:1016519/1‑91 CTACGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAAATGAGTCAATTGATAGAATG < 1:948324/91‑1 TACGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAAATGAGTCAATTGATAGAATGG < 1:871802/91‑1 TACGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAAATGAGTCAATTGATAGAATGG < 1:1725887/91‑1 ACGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAAATGAGTCAATTGATAGAATGGC > 1:3479694/1‑91 ACGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAAATGAGTCAATTGATAGAATGGC < 1:2651357/91‑1 CGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAAATGAGTCAATTGATAGAATGGCA > 1:3100435/1‑91 CGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAAATGAGTCAATTGATAGAATGGCA > 1:2985068/1‑91 CGAATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAAATGAGTCAATTGATAGAATGGCA < 1:2376865/91‑1 TTTAATTCTTCTTCAGACACACCTTGTGATTTCAAATTCATTTCAATTCCGACTGATTGACCTAATTCGTAGACAGCTTTAGCTAATGAT‑TCTACGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/173586‑173490‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctacgaATTAGGTCAATCAGTCGGAATTGAAATGAATTTGAAATCACAAGGTGTGTCTGAAGAAGAATTAAATGAGTCAATTGATAGAATGGCA > USA300TCH1516_ALE/173521‑173608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |