| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 211712 | 85 (0.860) | 9 (0.100) | 7/142 | NT | 11.0% | intergenic (+270/+58) | sfp/yagU | 4'‑phosphopantetheinyl transferase sfp/Inner membrane protein YagU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 211745 | 70 (0.800) | intergenic (+303/+25) | sfp/yagU | 4'‑phosphopantetheinyl transferase sfp/Inner membrane protein YagU | |||||
ATTACCGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/211615‑211712‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taacgtgagTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGAGCATTA < USA300TCH1516_ALE/211745‑211656 ATTACCGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATA > 1:4046965/1‑91 TTACCGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAA < 1:478366/91‑1 TTACCGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAA < 1:482907/91‑1 CCGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGT > 1:497032/1‑91 CGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTG > 1:4059435/1‑91 CGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTG > 1:4059753/1‑91 CGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTG < 1:3062721/91‑1 GAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGA < 1:1054630/91‑1 GAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGA > 1:14526/1‑91 AAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAG < 1:1610671/91‑1 AAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAG < 1:826439/91‑1 TAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGC < 1:344808/91‑1 ATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTC < 1:1306652/91‑1 GCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATAATTGATGCTCAC < 1:3178941/91‑1 ACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTA < 1:3247903/91‑1 CGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCATTAAATAAAATAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTAT < 1:3319317/91‑1 CGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTAT < 1:775799/91‑1 CGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTAT < 1:775757/91‑1 GTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATT < 1:1979164/91‑1 GTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTAT < 1:3048523/91‑1 AACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTG < 1:1284127/91‑1 AACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTG < 1:2441695/91‑1 AACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTG > 1:3721800/1‑91 AACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTG < 1:1282148/91‑1 AACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTG > 1:1800250/1‑91 ACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGA < 1:1321738/91‑1 CGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGAG < 1:1221447/91‑1 CGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGAG < 1:3804254/91‑1 GTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGAGC < 1:2232239/91‑1 TGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGAGCA > 1:2650516/1‑91 TGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGAGCA > 1:2074176/1‑91 GAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGAGCAT < 1:89082/91‑1 GTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGAGCATTA < 1:2351288/91‑1 GTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGAGCATTA > 1:1639628/1‑91 GTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGAGCATTA > 1:1323210/1‑91 ATTACCGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/211615‑211712‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taacgtgagTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTATTTTATTAACTGACATGATATGATTCCAGCCAACTTACGTGAGCATTA < USA300TCH1516_ALE/211745‑211656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |