| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 211712 | 85 (0.860) | 9 (0.100) | 7/142 | NT | 11.0% | intergenic (+270/+58) | sfp/yagU | 4'‑phosphopantetheinyl transferase sfp/Inner membrane protein YagU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 211745 | 70 (0.800) | intergenic (+303/+25) | sfp/yagU | 4'‑phosphopantetheinyl transferase sfp/Inner membrane protein YagU | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACG > USA300TCH1516_ALE/211656‑211833 | tAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAAc < 1:2351288‑M2/91‑2 (MQ=255)tAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAAc > 1:1639628‑M2/1‑90 (MQ=255)tAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAAc > 1:1323210‑M2/1‑90 (MQ=255) aTGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActc < 1:89082‑M2/91‑4 (MQ=255) tGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActca > 1:2074176‑M2/1‑87 (MQ=255) tGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActca > 1:2650516‑M2/1‑87 (MQ=255) gCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcac < 1:2232239‑M2/91‑6 (MQ=255) cTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacg < 1:3804254‑M2/91‑7 (MQ=255) cTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacg < 1:1221447‑M2/91‑7 (MQ=255) tCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgt < 1:1321738‑M2/91‑8 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt > 1:3721800‑M2/1‑83 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt > 1:1800250‑M2/1‑83 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt < 1:2441695‑M2/91‑9 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt < 1:1284127‑M2/91‑9 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt < 1:1282148‑M2/91‑9 (MQ=255) cGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTaa < 1:118822/91‑1 (MQ=255) aaGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGt < 1:3636768/91‑1 (MQ=255) aGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGtt > 1:501106/1‑91 (MQ=255) aGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGtt > 1:500655/1‑91 (MQ=255) aGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCACCAATCATCATACTCAAACGATGATTTACAACTCACGTTAATgaa > 1:3291709/1‑89 (MQ=255) ttGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAg < 1:1109085/91‑1 (MQ=255) ttGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAg > 1:1743220/1‑91 (MQ=255) ggCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACTTTAATGTTAGTc < 1:3183612/91‑1 (MQ=255) ggCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTc > 1:4039885/1‑91 (MQ=255) gCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCa < 1:2531269/91‑1 (MQ=255) gCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCa < 1:1905690/91‑1 (MQ=255) cTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAg > 1:3444022/1‑91 (MQ=255) cTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAg > 1:594309/1‑91 (MQ=255) cTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGATAGTCAg > 1:2091356/1‑91 (MQ=255) tGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAgt < 1:618906/91‑1 (MQ=255) gAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAgtgt < 1:3563235/91‑1 (MQ=255) aaTCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTa < 1:3617435/91‑1 (MQ=255) aaTCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTa > 1:3805305/1‑91 (MQ=255) aaTCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTa < 1:3617629/91‑1 (MQ=255) aaTCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTa < 1:3619258/91‑1 (MQ=255) tcatatcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAtt < 1:604333/91‑1 (MQ=255) tcatatcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAtt < 1:506480/91‑1 (MQ=255) atatcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaa > 1:1206016/1‑91 (MQ=255) tatcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaat > 1:511106/1‑91 (MQ=255) tatcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaat > 1:2061223/1‑91 (MQ=255) atcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaatt < 1:2778722/91‑1 (MQ=255) tcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaattt < 1:1357968/91‑1 (MQ=255) tcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaattt < 1:1998966/91‑1 (MQ=255) gTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATtaatttaatt < 1:370176/91‑1 (MQ=255) aGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTtat > 1:433559/1‑91 (MQ=255) ataaaataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaac < 1:3048523‑M2/91‑44 (MQ=255) ataaaataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGa > 1:235043/1‑91 (MQ=255) ataaaataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGa > 1:234928/1‑91 (MQ=255) aaaataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATa < 1:2811265/91‑1 (MQ=255) aataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttac < 1:1979164‑M2/91‑48 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttatttaatgacatgatatgattccagccaacttacg < 1:3319317‑M2/91‑49 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacg < 1:775799‑M2/91‑49 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacg < 1:775757‑M2/91‑49 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTGGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGAc > 1:3674994/1‑91 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGAc > 1:3108687/1‑91 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGAc > 1:3357820/1‑91 (MQ=255) taaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgt < 1:3247903‑M2/91‑50 (MQ=255) taaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACa < 1:3576143/91‑1 (MQ=255) aaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaa < 1:3463145/91‑1 (MQ=255) aCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaa < 1:3904067/91‑1 (MQ=255) aCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaa > 1:519469/1‑91 (MQ=255) cGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaaa > 1:3223002/1‑91 (MQ=255) cGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaaa < 1:554109/91‑1 (MQ=255) cGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaaa < 1:2364344/91‑1 (MQ=255) cGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaaa < 1:2902819/91‑1 (MQ=255) cGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaaa > 1:3223023/1‑91 (MQ=255) gTGAGCATCAATTATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgagc < 1:3178941‑M2/91‑54 (MQ=255) gAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgagcat < 1:1306652‑M2/91‑56 (MQ=255) gAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAAtgt < 1:1881714/91‑1 (MQ=255) gCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgagcatta < 1:344808‑M2/91‑58 (MQ=255) cATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAAtgttgt < 1:2878140/91‑1 (MQ=255) atcaatcaTCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTc < 1:2458324/91‑1 (MQ=255) atcaatcaTCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTc < 1:418857/91‑1 (MQ=255) atcaatcaTCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTc < 1:2129908/91‑1 (MQ=255) caatcaTCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGc < 1:2336819/91‑1 (MQ=255) aatcaTCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCa < 1:1976081/91‑1 (MQ=255) aatcaTCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCa < 1:1976024/91‑1 (MQ=255) aatcaTCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCa < 1:403637/91‑1 (MQ=255) tcatcaTACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACt > 1:462972/1‑91 (MQ=255) catcatACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTa > 1:947238/1‑91 (MQ=255) tcatACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAAt < 1:3660485/91‑1 (MQ=255) tcatACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAAt < 1:2898609/91‑1 (MQ=255) tcatACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAAt < 1:1662985/91‑1 (MQ=255) atACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTc > 1:2536467/1‑91 (MQ=255) tACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAACGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCa < 1:275473/91‑1 (MQ=255) aCTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCaa > 1:1282952/1‑91 (MQ=255) aCTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCaa > 1:1868426/1‑91 (MQ=255) tCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAAtt < 1:1174291/91‑1 (MQ=255) tCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAAtt < 1:229141/91‑1 (MQ=255) cAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTg > 1:2655830/1‑91 (MQ=255) cAAACGACGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTg < 1:2070307/91‑1 (MQ=255) gatgatTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGtcatc < 1:923558/91‑1 (MQ=255) atgatTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGtcatca < 1:1931473/91‑1 (MQ=255) tgatTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTcatcat > 1:1046125/1‑91 (MQ=255) tttAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCa > 1:3773988/1‑91 (MQ=255) tttAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCa > 1:3773989/1‑91 (MQ=255) tttAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCa < 1:3996670/91‑1 (MQ=255) ttAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAg < 1:1961755/91‑1 (MQ=255) ttAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAg < 1:2443251/91‑1 (MQ=255) aaaCTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACg > 1:253648/1‑91 (MQ=255) | TAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACG > USA300TCH1516_ALE/211656‑211833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |