| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 211712 | 85 (0.860) | 9 (0.100) | 7/142 | NT | 11.0% | intergenic (+270/+58) | sfp/yagU | 4'‑phosphopantetheinyl transferase sfp/Inner membrane protein YagU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 211745 | 70 (0.800) | intergenic (+303/+25) | sfp/yagU | 4'‑phosphopantetheinyl transferase sfp/Inner membrane protein YagU | |||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
AAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTG > USA300TCH1516_ALE/211622‑211802 | aaaaTAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAG < 1:826439‑M1/91‑1 (MQ=255)aaaaTAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAG < 1:1610671‑M1/91‑1 (MQ=255) taataGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCatc > 1:1035760/1‑91 (MQ=255) ataGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCatcaa < 1:3544392/91‑1 (MQ=255) taGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCatcaat < 1:2915914/91‑1 (MQ=255) taGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCatcaat < 1:3933812/91‑1 (MQ=255) aGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCatcaatc > 1:3420795/1‑91 (MQ=255) gTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCatcaatca > 1:1260248/1‑91 (MQ=255) tttGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAatcat > 1:3079736/1‑91 (MQ=255) ttGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAatcatc > 1:1023188/1‑91 (MQ=255) tGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAAtcatca < 1:3987792/91‑1 (MQ=255) gTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATcatcat > 1:4002439/1‑91 (MQ=255) tACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATAc < 1:2333303/91‑1 (MQ=255) tACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATAc < 1:275374/91‑1 (MQ=255) cgacgCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTc < 1:162470/91‑1 (MQ=255) cgacgCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTc < 1:1668957/91‑1 (MQ=255) gacgCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCa < 1:737733/91‑1 (MQ=255) cATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACg > 1:1350151/1‑91 (MQ=255) cATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACg > 1:1350423/1‑91 (MQ=255) cATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACg > 1:1351091/1‑91 (MQ=255) tttGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgat < 1:131783/91‑1 (MQ=255) tttGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgat < 1:299182/91‑1 (MQ=255) tttGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgat < 1:131705/91‑1 (MQ=255) tttGAGACTTTAATGCTCACGTAAGATGGCTGGAATCATCTCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgat < 1:3859845/91‑1 (MQ=255) tttGACACTTTAATGCTCACGTAAGATGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAAGAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgat < 1:3859488/91‑1 (MQ=255) ttGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgatg > 1:43991/1‑91 (MQ=255) gagaCTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgatgat > 1:3522258/1‑91 (MQ=255) gagaCTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgatgat > 1:3441023/1‑91 (MQ=255) gaCTTTACTGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGAttt < 1:2077961/91‑1 (MQ=255) tAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAAc > 1:1323210‑M2/1‑90 (MQ=255) tAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAAc > 1:1639628‑M2/1‑90 (MQ=255) tAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAAc < 1:2351288‑M2/91‑2 (MQ=255) aTGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctc < 1:1306652‑M1/91‑37 (MQ=255) aTGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActc < 1:89082‑M2/91‑4 (MQ=255) tGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActca > 1:2074176‑M2/1‑87 (MQ=255) tGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActca > 1:2650516‑M2/1‑87 (MQ=255) gCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgataattgatgctcac < 1:3178941‑M1/91‑39 (MQ=255) cTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacg < 1:3804254‑M2/91‑7 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt > 1:3721800‑M2/1‑83 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt < 1:1284127‑M2/91‑9 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt < 1:1282148‑M2/91‑9 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt > 1:1800250‑M2/1‑83 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt < 1:2441695‑M2/91‑9 (MQ=255) aCGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgtta < 1:3247903‑M1/91‑43 (MQ=255) cGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttat < 1:775757‑M1/91‑44 (MQ=255) cGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttat < 1:775799‑M1/91‑44 (MQ=255) gTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttatt < 1:1979164‑M1/91‑45 (MQ=255) aaGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGt < 1:3636768/91‑1 (MQ=255) aGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGtt > 1:501106/1‑91 (MQ=255) aGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGtt > 1:500655/1‑91 (MQ=255) aGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCACCAATCATCATACTCAAACGATGATTTACAACTCACGTTAATgaa > 1:3291709/1‑89 (MQ=255) gTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttat < 1:3048523‑M1/91‑49 (MQ=255) ttGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAg < 1:1109085/91‑1 (MQ=255) ttGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAg > 1:1743220/1‑91 (MQ=255) ggCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACTTTAATGTTAGTc < 1:3183612/91‑1 (MQ=255) ggCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTc > 1:4039885/1‑91 (MQ=255) gCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCa < 1:2531269/91‑1 (MQ=255) cTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAg > 1:594309/1‑91 (MQ=255) cTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAg > 1:3444022/1‑91 (MQ=255) cTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGATAGTCAg > 1:2091356/1‑91 (MQ=255) tGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAgt < 1:618906/91‑1 (MQ=255) gAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAgtgt < 1:3563235/91‑1 (MQ=255) aaTCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTa < 1:3617435/91‑1 (MQ=255) aaTCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTa < 1:3617629/91‑1 (MQ=255) aaTCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTa > 1:3805305/1‑91 (MQ=255) tcatatcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAtt < 1:604333/91‑1 (MQ=255) atatcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaa > 1:1206016/1‑91 (MQ=255) tatcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaat > 1:511106/1‑91 (MQ=255) tcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaattt < 1:1998966/91‑1 (MQ=255) gTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATtaatttaatt < 1:370176/91‑1 (MQ=255) ataaaataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGa > 1:234928/1‑91 (MQ=255) aaaataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATa < 1:2811265/91‑1 (MQ=255) aataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttac < 1:1979164‑M2/91‑48 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttatttaatgacatgatatgattccagccaacttacg < 1:3319317‑M2/91‑49 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacg < 1:775799‑M2/91‑49 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTGGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGAc > 1:3674994/1‑91 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGAc > 1:3357820/1‑91 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGAc > 1:3108687/1‑91 (MQ=255) taaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgt < 1:3247903‑M2/91‑50 (MQ=255) aaCGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtg < 1:1282148‑M1/91‑84 (MQ=255) aaCGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtg > 1:3721800‑M1/1‑8 (MQ=255) aaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaa < 1:3463145/91‑1 (MQ=255) aCGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtga < 1:1321738‑M1/91‑85 (MQ=255) aCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaa < 1:3904067/91‑1 (MQ=255) aCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaa > 1:519469/1‑91 (MQ=255) cGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgag < 1:3804254‑M1/91‑86 (MQ=255) cGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgag < 1:1221447‑M1/91‑86 (MQ=255) cGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaaa > 1:3223002/1‑91 (MQ=255) cGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaaa < 1:2902819/91‑1 (MQ=255) cGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaaa > 1:3223023/1‑91 (MQ=255) cGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACaaaa < 1:2364344/91‑1 (MQ=255) gTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgagc < 1:2232239‑M1/91‑87 (MQ=255) gTGAGCATCAATTATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgagc < 1:3178941‑M2/91‑54 (MQ=255) tGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgagca > 1:2650516‑M1/1‑4 (MQ=255) tGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgagca > 1:2074176‑M1/1‑4 (MQ=255) gAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgagcat < 1:89082‑M1/91‑89 (MQ=255) gAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAAtgt < 1:1881714/91‑1 (MQ=255) gttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgagcatta < 1:2351288‑M1/91‑91 (MQ=255) gttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgagcatta > 1:1323210‑M1/1‑1 (MQ=255) gCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgttattttattaactgacatgatatgattccagccaacttacgtgagcatta < 1:344808‑M2/91‑58 (MQ=255) | AAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTG > USA300TCH1516_ALE/211622‑211802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |