| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 260284 = | 65 (0.660) | 8 (0.090) | 7/138 | NT | 12.8% | intergenic (‑398/‑190) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 260324 = | 53 (0.620) | intergenic (‑438/‑150) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase | |||||
ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/260381‑260284‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > USA300TCH1516_ALE/260324‑260413 ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT > 1:663316/1‑91ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT > 1:659568/1‑91ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT > 1:659409/1‑91ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT < 1:3018596/91‑1ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT < 1:2883363/91‑1 ATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTA > 1:3666678/1‑91 ATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTA > 1:3115577/1‑91 TAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTAC < 1:2812319/91‑1 TTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAA < 1:3125629/91‑1 TTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAA > 1:3716617/1‑91 TGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAAT > 1:2754195/1‑91 TAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAT > 1:980314/1‑91 TAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAT > 1:3600706/1‑91 ACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGT > 1:33174/1‑91 CAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTG > 1:2104123/1‑91 AATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAA > 1:812528/1‑91 ATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAA > 1:1588154/1‑91 CTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATG < 1:2416981/91‑1 TGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGC > 1:2898616/1‑91 TGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGC > 1:2899886/1‑91 TGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGC < 1:2781376/91‑1 TGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGC > 1:360619/1‑91 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT > 1:2854886/1‑91 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT > 1:946978/1‑91 TACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTAC < 1:1589179/91‑1 TACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTAC > 1:3693234/1‑91 TACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTAC < 1:206062/91‑1 CACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAA > 1:1226470/1‑91 CACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAA > 1:1223402/1‑91 ACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAAT > 1:14095/1‑91 ACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAAT > 1:13838/1‑91 AAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGA > 1:3373965/1‑91 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > 1:720182/1‑91 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > 1:2881493/1‑91 ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/260381‑260284‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > USA300TCH1516_ALE/260324‑260413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |