| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 260284 = | 65 (0.660) | 8 (0.090) | 7/138 | NT | 12.8% | intergenic (‑398/‑190) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 260324 = | 53 (0.620) | intergenic (‑438/‑150) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase | |||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TTTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAA > USA300TCH1516_ALE/260194‑260374 | tttAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGT < 1:1051185‑M1/91‑1 (MQ=255)tttAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGT < 1:3845315‑M1/91‑1 (MQ=255)gtcattgtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatt > 1:720182‑M1/91‑91 (MQ=255) ttAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTT > 1:1138652‑M1/1‑91 (MQ=255) ttAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTT > 1:448826‑M1/1‑91 (MQ=255) tcattgtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaattt > 1:3373965‑M1/90‑91 (MQ=255) attgtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTtgt > 1:14095‑M1/88‑91 (MQ=255) attgtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTtgt > 1:13838‑M1/88‑91 (MQ=255) ttgtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTtgtg > 1:1223402‑M1/87‑91 (MQ=255) cGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGT < 1:3264550‑M1/91‑1 (MQ=255) gtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTa < 1:206062‑M1/7‑1 (MQ=255) gtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTa > 1:3693234‑M1/85‑91 (MQ=255) gtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTa < 1:1589179‑M1/7‑1 (MQ=255) gCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTA < 1:2319186‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAA > 1:859739‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAA > 1:3181105‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAA > 1:3597361‑M1/1‑91 (MQ=255) ttATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAAC < 1:3645545‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAAC < 1:3644076‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAAC < 1:342417‑M1/91‑1 (MQ=255) agcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAAc > 1:2854886‑M1/83‑91 (MQ=255) agcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAAc > 1:946978‑M1/83‑91 (MQ=255) gcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACa > 1:360619‑M1/82‑91 (MQ=255) gcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACa > 1:2899886‑M1/82‑91 (MQ=255) gcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACa < 1:2781376‑M1/10‑1 (MQ=255) catgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAg < 1:2416981‑M1/11‑1 (MQ=255) aTCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG > 1:3768484‑M1/1‑91 (MQ=255) tCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGa < 1:2167042/91‑1 (MQ=255) acaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATg < 1:299545/91‑1 (MQ=255) caaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGc < 1:1695599/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCa < 1:3077213/91‑1 (MQ=255) aTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCaa < 1:1351425/91‑1 (MQ=255) cATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAAtt > 1:2096833/1‑91 (MQ=255) tttttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGc > 1:2634566/1‑91 (MQ=255) tttttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGc < 1:2818393/91‑1 (MQ=255) tttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCat < 1:1845879/91‑1 (MQ=255) ttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCata < 1:2351136/91‑1 (MQ=255) ttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCata > 1:138305/1‑91 (MQ=255) ttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAAGAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCata > 1:4151710/1‑91 (MQ=255) tttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat > 1:1588154‑M1/65‑91 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgca < 1:3218519‑M1/91‑17 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgca < 1:3214802‑M1/91‑17 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgca < 1:2760693‑M1/91‑17 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat > 1:2480137/1‑91 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat > 1:2657159/1‑91 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat < 1:2895697/91‑1 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat < 1:2895557/91‑1 (MQ=255) aaaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTAc > 1:1812347‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTAc > 1:1812891‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTAc > 1:1813044‑M2/1‑90 (MQ=255) aaCAAATATATGCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAAGAGTTAACATTATAACTGTTGGGTAACAGtaatatgctaattgcattct < 1:3297479‑M1/91‑21 (MQ=255) aaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattct < 1:2474895‑M1/91‑21 (MQ=255) aaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattct < 1:568957‑M1/91‑21 (MQ=255) cacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTg > 1:2104123‑M1/60‑91 (MQ=255) cAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattctgt < 1:2393499‑M1/91‑23 (MQ=255) acataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGt > 1:33174‑M1/59‑91 (MQ=255) ataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTa > 1:3600706‑M1/57‑91 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta > 1:1188692‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta > 1:3249365‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta < 1:246053‑M2/91‑7 (MQ=255) attatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTAcaca > 1:2754195‑M1/53‑91 (MQ=255) ttatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaa > 1:3716617‑M1/52‑91 (MQ=255) taCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaaa > 1:664065/1‑91 (MQ=255) taCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaaa < 1:909859/91‑1 (MQ=255) aCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAt > 1:817380/1‑91 (MQ=255) aCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAt > 1:822686/1‑91 (MQ=255) tCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTa < 1:1028185/91‑1 (MQ=255) tCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTa < 1:1028511/91‑1 (MQ=255) tCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTa < 1:1832756/91‑1 (MQ=255) ccTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAg < 1:2487475/91‑1 (MQ=255) aaaTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTAc < 1:1720005/91‑1 (MQ=255) ttAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGt > 1:2558045/1‑91 (MQ=255) tAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGtt < 1:494554/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGttt < 1:3906955/91‑1 (MQ=255) aCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTc > 1:645833/1‑91 (MQ=255) ttttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTa > 1:2637484/1‑91 (MQ=255) tttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTAt < 1:664552/91‑1 (MQ=255) ttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATg > 1:2140516/1‑91 (MQ=255) tAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGt < 1:2300864/91‑1 (MQ=255) gCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTg < 1:186128/91‑1 (MQ=255) gCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTg > 1:1504623/1‑91 (MQ=255) aaTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGac < 1:2206399/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGaca < 1:879293/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGaca > 1:1112052/1‑91 (MQ=255) aTGAAAATAGTGAACATTATAACGGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGCTTCTATGTTTTGaca > 1:1112051/1‑91 (MQ=255) aaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacatacat < 1:725112/91‑1 (MQ=255) tAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaa < 1:1680174‑M2/91‑45 (MQ=255) aGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtg > 1:208946/1‑91 (MQ=255) tGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgat < 1:4123082/91‑1 (MQ=255) tGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgat < 1:842485/91‑1 (MQ=255) gAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatg > 1:547454/1‑91 (MQ=255) ataACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTg > 1:1413089/1‑91 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt < 1:3172681/91‑1 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt < 1:4109104/91‑1 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt < 1:3991162/91‑1 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc > 1:4122325/1‑91 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc > 1:754046/1‑91 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc < 1:223306/91‑1 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc < 1:1819555/91‑1 (MQ=255) tgttgtGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACAt < 1:3693440/91‑1 (MQ=255) | TTTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAA > USA300TCH1516_ALE/260194‑260374 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |