| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 260294 | 68 (0.690) | 11 (0.130) | 6/138 | NT | 16.5% | intergenic (‑408/‑180) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 260312 | 53 (0.620) | intergenic (‑426/‑162) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase | |||||
TTTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/260194‑260294‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtgtaacagTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATTTGTTT < USA300TCH1516_ALE/260312‑260223 TTTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGT < 1:3845315/91‑1TTTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGT < 1:1051185/91‑1 TTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTT > 1:1138652/1‑91 TTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTT > 1:448826/1‑91 CGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGT < 1:3264550/91‑1 GCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTA > 1:443249/1‑91 GCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTA < 1:2319186/91‑1 CTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAA > 1:3181105/1‑91 CTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAA > 1:859739/1‑91 CTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAA > 1:3597361/1‑91 TTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAAC < 1:3645545/91‑1 TTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAAC < 1:3644076/91‑1 TTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAAC < 1:342417/91‑1 TTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAAC > 1:1388872/1‑91 TATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACA > 1:670333/1‑91 ATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG > 1:3768484/1‑91 ATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG < 1:3895205/91‑1 AACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAcaat > 1:3213812/1‑87 TATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCA < 1:2760693/91‑1 TATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCA < 1:2760812/91‑1 TATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCA < 1:3214802/91‑1 TATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCA < 1:3218519/91‑1 AAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTC < 1:1834535/91‑1 AACAAATATATGCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAAGAGTTAACATTATAACTGTTGGGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT < 1:3297479/91‑1 AACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT < 1:2474895/91‑1 AACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT < 1:568957/91‑1 CAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT < 1:2393499/91‑1 AAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTT < 1:2610191/91‑1 TTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTA < 1:1680174/91‑1 GTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATAT > 1:1458785/1‑91 TAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATT > 1:3249380/1‑91 TAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATT > 1:1188692/1‑91 TAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATT > 1:3249365/1‑91 TAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATT < 1:246053/91‑1 ACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATTTG < 1:2331509/91‑1 ACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATTTG < 1:1096543/91‑1 GTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATTTGTTT > 1:1812347/1‑91 GTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATTTGTTT > 1:1813044/1‑91 GTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATTTGTTT > 1:1812891/1‑91 GTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATTTGTTT > 1:1812980/1‑91 TTTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/260194‑260294‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtgtaacagTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATTTGTTT < USA300TCH1516_ALE/260312‑260223 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |