| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 260294 | 68 (0.690) | 11 (0.130) | 6/138 | NT | 16.5% | intergenic (‑408/‑180) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 260312 | 53 (0.620) | intergenic (‑426/‑162) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase | |||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
ATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAA > USA300TCH1516_ALE/260204‑260384 | catgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAg < 1:2416981‑M1/11‑1 (MQ=255)aTCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG < 1:3895205‑M1/91‑1 (MQ=255)aTCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG > 1:3768484‑M1/1‑91 (MQ=255) tCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGa < 1:2167042/91‑1 (MQ=255) acaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATg < 1:299545/91‑1 (MQ=255) caaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGc < 1:1695645/91‑1 (MQ=255) caaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGc < 1:1695599/91‑1 (MQ=255) aTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCaa < 1:1351425/91‑1 (MQ=255) cATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGACTGCAAtt > 1:2096947/1‑91 (MQ=255) tttttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGc < 1:2818393/91‑1 (MQ=255) tttttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGc > 1:2634566/1‑91 (MQ=255) tttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCat < 1:1845879/91‑1 (MQ=255) ttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCata > 1:138305/1‑91 (MQ=255) ttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAAGAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCata > 1:4151710/1‑91 (MQ=255) tttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat > 1:1588154‑M1/65‑91 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgca < 1:2760693‑M1/91‑17 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgca < 1:3218519‑M1/91‑17 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat > 1:2657159/1‑91 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat > 1:2480137/1‑91 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat > 1:2657218/1‑91 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat > 1:835730/1‑91 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat < 1:2895697/91‑1 (MQ=255) aaaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattc < 1:1834535‑M1/91‑20 (MQ=255) aaaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTAc > 1:1812980‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTAc > 1:1812347‑M2/1‑90 (MQ=255) aaCAAATATATGCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAAGAGTTAACATTATAACTGTTGGGTAACAGtaatatgctaattgcattct < 1:3297479‑M1/91‑21 (MQ=255) aaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattct < 1:568957‑M1/91‑21 (MQ=255) aaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattct < 1:2474895‑M1/91‑21 (MQ=255) cacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTg > 1:2104123‑M1/60‑91 (MQ=255) cAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattctgt < 1:2393499‑M1/91‑23 (MQ=255) cAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgt < 1:1096543‑M2/91‑5 (MQ=255) cAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgt < 1:2331509‑M2/91‑5 (MQ=255) aaaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattctgtt < 1:2610191‑M1/91‑24 (MQ=255) ataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTa > 1:3600706‑M1/57‑91 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta > 1:3249365‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta < 1:246053‑M2/91‑7 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta > 1:3249380‑M2/1‑85 (MQ=255) atataCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgttacac > 1:1458785‑M2/1‑82 (MQ=255) attatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTAcaca > 1:2754195‑M1/53‑91 (MQ=255) taCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaaa < 1:909859/91‑1 (MQ=255) taCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaaa < 1:909728/91‑1 (MQ=255) taCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaaa > 1:2040634/1‑91 (MQ=255) aCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAt > 1:822686/1‑91 (MQ=255) aCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAt > 1:817380/1‑91 (MQ=255) tCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTa < 1:1028185/91‑1 (MQ=255) tCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTa < 1:1028511/91‑1 (MQ=255) tCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTa < 1:1832756/91‑1 (MQ=255) ccTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAg < 1:2487475/91‑1 (MQ=255) aaaTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTAc < 1:3354022/91‑1 (MQ=255) tAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGtt < 1:494554/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGttt < 1:3906955/91‑1 (MQ=255) aCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTc > 1:645833/1‑91 (MQ=255) aCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTc > 1:526121/1‑91 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt > 1:1163951/1‑91 (MQ=255) cTTGTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt < 1:3737563/91‑1 (MQ=255) tttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTAt < 1:664552/91‑1 (MQ=255) ttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATg > 1:2140516/1‑91 (MQ=255) ttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATg > 1:3671836/1‑91 (MQ=255) ttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATg < 1:662572/91‑1 (MQ=255) tAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGt < 1:2300864/91‑1 (MQ=255) gCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTg > 1:1504623/1‑91 (MQ=255) gCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTg < 1:186128/91‑1 (MQ=255) aaTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGac < 1:2206399/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGaca > 1:1112052/1‑91 (MQ=255) aTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGaca < 1:879293/91‑1 (MQ=255) aaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacatacat < 1:725112/91‑1 (MQ=255) aaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacatacat > 1:348402/1‑91 (MQ=255) tAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaa < 1:1680174‑M2/91‑45 (MQ=255) aGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtg > 1:208946/1‑91 (MQ=255) aGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtg < 1:2483861/91‑1 (MQ=255) ataACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTg > 1:1413089/1‑91 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt < 1:3172681/91‑1 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt < 1:4109195/91‑1 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt < 1:4109104/91‑1 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc > 1:4122325/1‑91 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc < 1:223306/91‑1 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc > 1:754046/1‑91 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc < 1:1819555/91‑1 (MQ=255) tgttgtGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACAt < 1:3693440/91‑1 (MQ=255) TTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATaa < 1:3125629‑M1/91‑1 (MQ=255) GTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTa < 1:2812319‑M1/91‑1 (MQ=255) tAACAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatt > 1:3249365‑M1/1‑6 (MQ=255) tAACAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatt > 1:1188692‑M1/1‑6 (MQ=255) tAACAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatt < 1:246053‑M1/91‑86 (MQ=255) TAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAt > 1:3666678‑M1/1‑91 (MQ=255) TAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAt > 1:3115577‑M1/1‑91 (MQ=255) aaCAGAATGCAATTAGCATATTActgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatattt < 1:2610191‑M2/91‑69 (MQ=255) aCAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttg < 1:1096543‑M1/91‑88 (MQ=255) aCAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttg < 1:2331509‑M1/91‑88 (MQ=255) aCAGAATGCAATTAGCATATTActgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttg < 1:2393499‑M2/91‑70 (MQ=255) ACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtgt > 1:663316‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtgt < 1:2883363‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtgt > 1:659568‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtgt < 1:3018596‑M1/91‑1 (MQ=255) aGAATGCAATTAGCATATTActgttacccaacagttataatgttaactcttttcattgctttaaaagttaatttaggagcatatatttgtt < 1:3297479‑M2/91‑72 (MQ=255) aGAATGCAATTAGCATATTActgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttgtt < 1:568957‑M2/91‑72 (MQ=255) gtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttgttt > 1:1813044‑M1/1‑1 (MQ=255) gtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttgttt > 1:1812980‑M1/1‑1 (MQ=255) gtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttgttt > 1:1812891‑M1/1‑1 (MQ=255) gtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttgttt > 1:1812347‑M1/1‑1 (MQ=255) | ATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAA > USA300TCH1516_ALE/260204‑260384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |