| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 260294 | 68 (0.690) | 11 (0.130) | 6/138 | NT | 16.5% | intergenic (‑408/‑180) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 260312 | 53 (0.620) | intergenic (‑426/‑162) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase | |||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
AAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACAT > USA300TCH1516_ALE/260223‑260402 | aaaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTAc > 1:1813044‑M2/1‑90 (MQ=255)aaaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTAc > 1:1812980‑M2/1‑90 (MQ=255)aaaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTAc > 1:1812891‑M2/1‑90 (MQ=255)aaaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTAc > 1:1812347‑M2/1‑90 (MQ=255) cAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgt < 1:1096543‑M2/91‑5 (MQ=255) cAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgt < 1:2331509‑M2/91‑5 (MQ=255) acataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGt > 1:33174‑M1/59‑91 (MQ=255) ataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTa > 1:3600706‑M1/57‑91 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta < 1:246053‑M2/91‑7 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta > 1:1188692‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta > 1:3249380‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta > 1:3249365‑M2/1‑85 (MQ=255) atataCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgttacac > 1:1458785‑M2/1‑82 (MQ=255) attatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTAcaca > 1:2754195‑M1/53‑91 (MQ=255) 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tCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTa < 1:1832756/91‑1 (MQ=255) ccTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAg < 1:2487475/91‑1 (MQ=255) aaaTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTAc < 1:3354022/91‑1 (MQ=255) aaaTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTAc < 1:1720005/91‑1 (MQ=255) ttAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGt > 1:2558045/1‑91 (MQ=255) tAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGtt < 1:494554/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGttt < 1:3906955/91‑1 (MQ=255) aCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTc > 1:526121/1‑91 (MQ=255) aCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTc > 1:645833/1‑91 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt > 1:1163951/1‑91 (MQ=255) cTTGTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt < 1:3737563/91‑1 (MQ=255) ttttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTa > 1:2637484/1‑91 (MQ=255) tttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTAt < 1:664552/91‑1 (MQ=255) ttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATg > 1:2140516/1‑91 (MQ=255) ttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATg > 1:3671836/1‑91 (MQ=255) tAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGt < 1:2300864/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |