| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 298069 = | 80 (0.810) | 8 (0.090) | 8/140 | NT | 11.2% | intergenic (+208/‑220) | tarK/tarF_1 | Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 298125 = | 57 (0.660) | intergenic (+264/‑164) | tarK/tarF_1 | Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase | |||||
TCATACGAAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATAACGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/298168‑298069‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gataacgattTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGATGAA > USA300TCH1516_ALE/298125‑298211 TCATACGAAATACATGATTAATGTACCACTTTGACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTATACATTTATGAATTAG < 1:3539585/91‑1TCATACGAAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAG < 1:516920/91‑1 CATACGAAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGA > 1:1209102/1‑91 CATACGAAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGA > 1:849398/1‑91 ATACGAAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGAT > 1:2395706/1‑91 ATACGAAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGAT > 1:2502637/1‑91 TACGAAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATA < 1:3406873/91‑1 TACGAAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATA < 1:3406834/91‑1 CGAAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATAAC < 1:1561848/91‑1 CGAAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATAAC < 1:1562349/91‑1 AAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATAACGA > 1:1080397/1‑91 ATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATAACGATT > 1:627215/1‑91 ATGACTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATAACGATTcgat > 1:3269813/1‑87 TAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAA > 1:2567461/1‑91 ATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATT > 1:1713784/1‑91 TCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTT > 1:96114/1‑91 TTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGT > 1:2344617/1‑91 CATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAA‑TGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATA > 1:504145/1‑91 TTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAA‑TGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAAT > 1:797028/1‑91 TCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAA‑TGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATT > 1:3623078/1‑91 ACGTATGTGTTTACACATTTATGAA‑TGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAGCGA > 1:3338160/1‑91 GATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTAT < 1:2948534/91‑1 GATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTAT < 1:472083/91‑1 GATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTAT < 1:474091/91‑1 TAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGA < 1:1107000/91‑1 AACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGAT > 1:2448990/1‑91 AACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGAT > 1:53938/1‑91 AACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGAT < 1:1959488/91‑1 ACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGATG < 1:3257003/91‑1 ACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGATG < 1:4038088/91‑1 ACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGATG < 1:675898/91‑1 GATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGATGAA < 1:4105773/91‑1 TCATACGAAATACATGATTAATGTACCACTTTAACATAACAAAAAATCGTTATCCATTCATAACGTATGTGTTTACACATTTATGAATTAGATAACGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/298168‑298069‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gataacgattTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGATGAA > USA300TCH1516_ALE/298125‑298211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |