| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 298069 = | 80 (0.810) | 8 (0.090) | 8/140 | NT | 11.2% | intergenic (+208/‑220) | tarK/tarF_1 | Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 298125 = | 57 (0.660) | intergenic (+264/‑164) | tarK/tarF_1 | Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase | |||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
ACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAT > USA300TCH1516_ALE/297979‑298159 | aCCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCA > 1:1033968‑M1/1‑91 (MQ=255)aCCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCA > 1:3897574‑M1/1‑91 (MQ=255)aCCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCA > 1:3897560‑M1/1‑91 (MQ=255)aCCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCA > 1:3801947‑M1/1‑91 (MQ=255)aCCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCA > 1:2195789‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATC > 1:1124200‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATC < 1:683165‑M1/91‑1 (MQ=255) ttcatcataaaatacatttaaccattacacttgtcgttaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATc < 1:4105773‑M1/4‑1 (MQ=255) tttGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCG > 1:2400513‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGT < 1:4024534‑M1/91‑1 (MQ=255) catcataaaatacatttaaccattacacttgtcgttaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGt < 1:4038088‑M1/6‑1 (MQ=255) catcataaaatacatttaaccattacacttgtcgttaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGt < 1:3257003‑M1/6‑1 (MQ=255) catcataaaatacatttaaccattacacttgtcgttaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGt < 1:675898‑M1/6‑1 (MQ=255) atcataaaatacatttaaccattacacttgtcgttaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGtt > 1:2448990‑M1/85‑91 (MQ=255) atcataaaatacatttaaccattacacttgtcgttaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGtt < 1:1959488‑M1/7‑1 (MQ=255) tcataaaatacatttaaccattacacttgtcgttaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTa < 1:1107000‑M1/8‑1 (MQ=255) aTTTTTCATGCATAAGGCGTTTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTAT > 1:1633524‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTAT > 1:366420‑M1/1‑91 (MQ=255) ataaaatacatttaaccattacacttgtcgttaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATc < 1:2948534‑M1/10‑1 (MQ=255) ataaaatacatttaaccattacacttgtcgttaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATc < 1:472083‑M1/10‑1 (MQ=255) tttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTa > 1:3934849/1‑91 (MQ=255) ttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTaa < 1:3405801/91‑1 (MQ=255) tCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAAt > 1:2822200/1‑91 (MQ=255) cATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAAtt < 1:259079/91‑1 (MQ=255) cATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAAtt < 1:2656967/91‑1 (MQ=255) tGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCa < 1:1422190/91‑1 (MQ=255) tGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCa > 1:3953752/1‑91 (MQ=255) tGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCa < 1:1265694/91‑1 (MQ=255) tGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCa < 1:3100281/91‑1 (MQ=255) gCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCAt > 1:1800959/1‑91 (MQ=255) aTAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaa < 1:2203967/91‑1 (MQ=255) aTAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaa < 1:2915638/91‑1 (MQ=255) aTAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaa < 1:451946/91‑1 (MQ=255) aTAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaa > 1:2663210/1‑91 (MQ=255) tAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaaa > 1:1515301/1‑91 (MQ=255) tAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaaa < 1:711346/91‑1 (MQ=255) aGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAAtg < 1:3401617/91‑1 (MQ=255) gCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAAtgtg > 1:3477732/1‑91 (MQ=255) gCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAAtgtg > 1:2305342/1‑91 (MQ=255) gATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTa > 1:3036018/1‑91 (MQ=255) gATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTa > 1:4125404/1‑91 (MQ=255) gATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTAATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTa > 1:3496471/1‑91 (MQ=255) ttCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTaaa > 1:1752047/1‑91 (MQ=255) ttCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTaaa > 1:3567851/1‑91 (MQ=255) ttCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTaaa > 1:1752029/1‑91 (MQ=255) ttCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTaaa > 1:2025643/1‑91 (MQ=255) tcaatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAac > 1:85447/1‑91 (MQ=255) tcaatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAac < 1:2914457/91‑1 (MQ=255) caatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAaca < 1:2596464/91‑1 (MQ=255) aatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAacac < 1:1253170/91‑1 (MQ=255) aatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAacac < 1:3313832/91‑1 (MQ=255) tcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACAt > 1:1001545/1‑91 (MQ=255) aaaaGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATAc < 1:3644222/91‑1 (MQ=255) tcgctaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCCA‑TTCATAAATGTGTAAACACATACGt > 1:3338160‑M1/55‑91 (MQ=255) aaaGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACg > 1:1435166/1‑91 (MQ=255) aattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCCA‑TTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGa > 1:3623078‑M1/50‑91 (MQ=255) attatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCCA‑TTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGaa > 1:797028‑M1/49‑91 (MQ=255) tatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCCA‑TTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATg > 1:504145‑M1/47‑91 (MQ=255) cACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAAt > 1:2047118/1‑91 (MQ=255) cACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAAt > 1:1984007/1‑91 (MQ=255) aCCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaatta < 1:1717581‑M1/91‑37 (MQ=255) aCCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATg < 1:4048242/91‑1 (MQ=255) ttCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgat > 1:211726‑M2/1‑88 (MQ=255) tCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgata > 1:894085‑M2/1‑87 (MQ=255) tCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgata > 1:565584‑M2/1‑87 (MQ=255) tCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgata > 1:565605‑M2/1‑87 (MQ=255) cAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataac < 1:3918351‑M1/91‑43 (MQ=255) aaCTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataacg < 1:1888200‑M1/91‑44 (MQ=255) cTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgataacgat < 1:3974767‑M2/91‑10 (MQ=255) aatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAt > 1:1713784‑M1/37‑91 (MQ=255) aaTTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtttt > 1:461142/1‑91 (MQ=255) aTTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAttttt < 1:950079/91‑1 (MQ=255) ttGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATTAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtttttt < 1:3602467/91‑1 (MQ=255) tCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgtt > 1:1214141/1‑91 (MQ=255) ttaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgtta > 1:2567461‑M1/28‑91 (MQ=255) ttttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatg < 1:477692/91‑1 (MQ=255) tttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgt > 1:3316701/1‑91 (MQ=255) tttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgt > 1:4083886/1‑91 (MQ=255) ttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGACTTTTtgttatgtt > 1:4149547/1‑91 (MQ=255) gTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaa > 1:4074256/1‑91 (MQ=255) taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa < 1:1781014/91‑1 (MQ=255) taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa < 1:1781145/91‑1 (MQ=255) taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa < 1:1781189/91‑1 (MQ=255) aaataaaataATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGt < 1:651102/91‑1 (MQ=255) aaataaTCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTAc < 1:3495068/91‑1 (MQ=255) aaataaTCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTAc > 1:564507/1‑91 (MQ=255) ataatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAt > 1:4095410/1‑91 (MQ=255) ataatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAt > 1:1545080/1‑91 (MQ=255) taatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAtt > 1:1626483/1‑91 (MQ=255) tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt < 1:2315782/91‑1 (MQ=255) tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt < 1:2316738/91‑1 (MQ=255) tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt < 1:2498967/91‑1 (MQ=255) cGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATc < 1:3426604/91‑1 (MQ=255) aTCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCAt < 1:3244288/91‑1 (MQ=255) aTCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCAt > 1:3260044/1‑91 (MQ=255) tCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATg > 1:517634/1‑91 (MQ=255) tCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATg < 1:1395880/91‑1 (MQ=255) ccAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGt < 1:1279731/91‑1 (MQ=255) cAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTa > 1:1887252/1‑91 (MQ=255) aaTCGTTATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataacgattggatcgattattttattttacaaaatgacaattca < 1:1064255‑M1/91‑82 (MQ=255) | ACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAT > USA300TCH1516_ALE/297979‑298159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |