BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	298069 =	80 (0.810)	8 (0.090)	8/140	NT	11.2%	intergenic (+208/‑220)	tarK/tarF_1	Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase
*	?	USA300TCH1516_ALE	298125 =	57 (0.660)	8 (0.090)	8/140	NT	11.2%	intergenic (+264/‑164)	tarK/tarF_1	Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase

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AATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGATGAAATGC  >  USA300TCH1516_ALE/298036‑298215

aaTTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtttt                                                                                           >  1:461142/1‑91 (MQ=255)

 aTTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAttttt                                                                                          <  1:950079/91‑1 (MQ=255)

  ttGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATTAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtttttt                                                                                         <  1:3602467/91‑1 (MQ=255)

  ttGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtttttt                                                                                         >  1:4096410/1‑91 (MQ=255)

     tCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgtt                                                                                      >  1:1214141/1‑91 (MQ=255)

      ttaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgtta                                                                                     >  1:2567461‑M1/28‑91 (MQ=255)

        ttttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatg                                                                                   <  1:477692/91‑1 (MQ=255)

         tttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgt                                                                                  >  1:3316701/1‑91 (MQ=255)

         tttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgt                                                                                  >  1:4083886/1‑91 (MQ=255)

          ttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGACTTTTtgttatgtt                                                                                 >  1:4149547/1‑91 (MQ=255)

            gTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaa                                                                               >  1:4074256/1‑91 (MQ=255)

            gTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaa                                                                               >  1:2870262/1‑91 (MQ=255)

             taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa                                                                              <  1:1781189/91‑1 (MQ=255)

             taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa                                                                              <  1:1781145/91‑1 (MQ=255)

             taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa                                                                              <  1:1781093/91‑1 (MQ=255)

             taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa                                                                              <  1:1781014/91‑1 (MQ=255)

               aaataaaataATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGt                                                                            <  1:651102/91‑1 (MQ=255)

                    aaataaTCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTAc                                                                       >  1:564507/1‑91 (MQ=255)

                    aaataaTCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTAc                                                                       <  1:3495068/91‑1 (MQ=255)

                    aaataaTCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTAc                                                                       <  1:4051146/91‑1 (MQ=255)

                      ataatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAt                                                                     >  1:1545080/1‑91 (MQ=255)

                      ataatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAt                                                                     >  1:3528083/1‑91 (MQ=255)

                      ataatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAt                                                                     >  1:4095410/1‑91 (MQ=255)

                         taacaaaaaatcgttatccattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataacgattTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTaa                                                                  >  1:2567461‑M2/65‑91 (MQ=255)

                         atCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTaa                                                                  >  1:2551563/1‑91 (MQ=255)

                          tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt                                                                 <  1:2315782/91‑1 (MQ=255)

                          tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt                                                                 <  1:2316738/91‑1 (MQ=255)

                          tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt                                                                 <  1:2498967/91‑1 (MQ=255)

                           cGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATc                                                                <  1:3426604/91‑1 (MQ=255)

                           cGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATc                                                                <  1:3921556/91‑1 (MQ=255)

                             atcgAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAGTCAt                                                              >  1:3269813‑M1/5‑91 (MQ=255)

                             aTCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCAt                                                              <  1:3244288/91‑1 (MQ=255)

                              tCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATg                                                             >  1:3984464/1‑91 (MQ=255)

                              tCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATg                                                             <  1:1395880/91‑1 (MQ=255)

                               ccAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGt                                                            <  1:1279731/91‑1 (MQ=255)

                                cAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTa                                                           >  1:1887252/1‑91 (MQ=255)

                                 AATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAt                                                          >  1:627215‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                  atcgttatccattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataacgattTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAtt                                                         >  1:1713784‑M2/56‑91 (MQ=255)

                                   TCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAttt                                                        >  1:1080397‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                     GTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCg                                                      <  1:1562349‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                     GTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCg                                                      <  1:1561848‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                      ttatccattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataacgattTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGt                                                     >  1:2344617‑M2/52‑91 (MQ=255)

                                       TATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTa                                                    <  1:3406873‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                       TATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTa                                                    <  1:3406834‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                        ATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTAt                                                   >  1:2502637‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                         TCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATg                                                  >  1:1209102‑M1/1‑91 (MQ=255)

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                                          CTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGa                                                 <  1:516920‑M1/91‑1 (MQ=255)

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                                            cattcataacgtatgtgtttacacatttatgaatggataacgattTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATa                                               >  1:504145‑M2/46‑91 (MQ=255)

                                              ttcataacgtatgtgtttacacatttatgaatggataacgattTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAAt                                             >  1:797028‑M2/44‑91 (MQ=255)

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                                                            aaCACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTa                               <  1:2253176/91‑1 (MQ=255)

                                                             acacATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTaa                              <  1:1809912/91‑1 (MQ=255)

                                                             acacATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTaa                              <  1:1888313/91‑1 (MQ=255)

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                                                              cacaTACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAAt                             >  1:3527001/1‑91 (MQ=255)

                                                                 aTACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGt                          >  1:952056/1‑91 (MQ=255)

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                                                                      ttATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAAt                     >  1:2507877/1‑91 (MQ=255)

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                                                                             tGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTAtttt              >  1:357008/1‑91 (MQ=255)

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                                                                                  aacgattTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTatgat         >  1:2448990‑M2/8‑91 (MQ=255)

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                                                                                     gattTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGATGaa      <  1:4105773‑M2/87‑1 (MQ=255)

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                                                                                         ttttGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGATGAAATGc  >  1:3657905/1‑91 (MQ=255)

AATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTATGATGAAATGC  >  USA300TCH1516_ALE/298036‑298215

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.