| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 329202 = | 116 (1.180) | 11 (0.130) | 8/140 | NT | 11.3% | intergenic (+70/+73) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 329255 = | 71 (0.830) | intergenic (+123/+20) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
TTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/329300‑329202‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC > USA300TCH1516_ALE/329255‑329343 TTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTG < 1:1731002/91‑1 TCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGT < 1:2631805/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:3028457/91‑1 TCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGC < 1:2764887/91‑1 TCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGC < 1:997887/91‑1 TCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGC > 1:722806/1‑91 TCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGC > 1:3578621/1‑91 ATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTT < 1:2167667/91‑1 ATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTT < 1:557665/91‑1 TATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTT > 1:2710756/1‑91 CAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTATTTTGTATGTCATGATTAATTTAATGGATGT > 1:3216745/1‑91 ATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAAT > 1:1557295/1‑91 CGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAATTTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGAT > 1:3692390/1‑91 CGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAATTTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGAT > 1:3691777/1‑91 ACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGA > 1:1034349/1‑91 ACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGA > 1:55168/1‑91 CAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAA > 1:3429672/1‑91 TTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTT < 1:3360403/91‑1 TCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTC > 1:1559737/1‑91 TTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCA > 1:2028114/1‑91 TACAATTCGTAACACTGC‑GAACTGGTCGCTTTTTATTC‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGA > 1:3516559/1‑91 GGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATAT > 1:2364921/1‑91 GGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATAT > 1:2363967/1‑91 GGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATAT > 1:2363902/1‑91 GTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATA < 1:3088751/91‑1 GTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATA > 1:351171/1‑91 TCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATAT > 1:1085166/1‑91 TCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATAT > 1:1084276/1‑91 CGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATT > 1:2270504/1‑91 GCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTC < 1:3167051/91‑1 GCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTC < 1:1728786/91‑1 GCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTC > 1:1956923/1‑91 CTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCA < 1:1368995/91‑1 CTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCA > 1:968715/1‑91 TTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCAC < 1:982180/91‑1 TTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC < 1:1790956/91‑1 TTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/329300‑329202‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC > USA300TCH1516_ALE/329255‑329343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |