| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 329202 = | 116 (1.180) | 11 (0.130) | 8/140 | NT | 11.3% | intergenic (+70/+73) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 329255 = | 71 (0.830) | intergenic (+123/+20) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATA > USA300TCH1516_ALE/329113‑329292 | ggtgaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaaa < 1:1790956‑M1/2‑1 (MQ=255) tgaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAg > 1:968715‑M1/88‑91 (MQ=255) tgaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAg < 1:1368995‑M1/4‑1 (MQ=255) gaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGc < 1:3167051‑M1/5‑1 (MQ=255) gaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGc > 1:1956923‑M1/87‑91 (MQ=255) cAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGc < 1:1534814/91‑1 (MQ=255) aatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCg > 1:2270504‑M1/86‑91 (MQ=255) atatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGa > 1:1084276‑M1/85‑91 (MQ=255) aTTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGa > 1:2667068/1‑91 (MQ=255) aTTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTACTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGa < 1:3597992/91‑1 (MQ=255) tatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGAc < 1:3088751‑M1/8‑1 (MQ=255) tatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGAc > 1:351171‑M1/84‑91 (MQ=255) tataCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGAcc < 1:475573/91‑1 (MQ=255) tataCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGAcc < 1:2620342/91‑1 (MQ=255) tataCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGAcc < 1:1042766/91‑1 (MQ=255) atatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGAcc > 1:2364921‑M1/83‑91 (MQ=255) atatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGAcc > 1:2363902‑M1/83‑91 (MQ=255) aCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAt < 1:2043941/91‑1 (MQ=255) aCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAt > 1:59579/1‑91 (MQ=255) cTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAtt > 1:2612205/1‑91 (MQ=255) cTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAtt > 1:2538925/1‑91 (MQ=255) cTTTCGTAAACGATATTGATTAATGGGGATTGTAGAGAACATTTCTTTGTAATATTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAtt > 1:460676/1‑91 (MQ=255) tttCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAttt < 1:3499442/91‑1 (MQ=255) ttCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAtttt > 1:1965172/1‑91 (MQ=255) tCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTg < 1:622994/91‑1 (MQ=255) gTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCa > 1:560952/1‑91 (MQ=255) tAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAg < 1:2907162/91‑1 (MQ=255) tAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAg < 1:2718518/91‑1 (MQ=255) aaaCGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAgt < 1:3779447/91‑1 (MQ=255) aaCGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAgtg < 1:3564273/91‑1 (MQ=255) aCGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAgtgt < 1:1416626/91‑1 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGtt > 1:3115551/1‑91 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGtt < 1:975000/91‑1 (MQ=255) cGACTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGtt < 1:3345681/91‑1 (MQ=255) aTTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTAc > 1:1026499/1‑91 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACg < 1:631912/91‑1 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACg < 1:2543139/91‑1 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACg > 1:3510503/1‑91 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACg < 1:1801007/91‑1 (MQ=255) tttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGa < 1:1516507/91‑1 (MQ=255) ttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGaa > 1:1070924/1‑91 (MQ=255) gATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAAtt < 1:346944/91‑1 (MQ=255) tgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTaa > 1:2028114‑M1/58‑91 (MQ=255) aTGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTaaa > 1:553640/1‑91 (MQ=255) tGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAAc < 1:3599363/91‑1 (MQ=255) ggggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACt < 1:2387371/91‑1 (MQ=255) ggggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACt < 1:1579040/91‑1 (MQ=255) gggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTg > 1:1909689/1‑91 (MQ=255) ggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGc > 1:304178/1‑91 (MQ=255) ggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGc < 1:2653226/91‑1 (MQ=255) gaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGa > 1:1559737‑M1/51‑91 (MQ=255) aaTGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGa > 1:1122705/1‑91 (MQ=255) aaTGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGa > 1:3789251/1‑91 (MQ=255) aaTGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGa < 1:1468693/91‑1 (MQ=255) aagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGaa < 1:3360403‑M1/42‑1 (MQ=255) aTGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGaa > 1:3056583/1‑91 (MQ=255) aTGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGaa > 1:3909984/1‑91 (MQ=255) tGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAAc > 1:2069044/1‑91 (MQ=255) tGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAAc < 1:1274714/91‑1 (MQ=255) tGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAAc > 1:2732869/1‑91 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 1:2998609/1‑91 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 1:935232/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |