| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 349728 | 122 (1.240) | 9 (0.100) | 5/142 | NT | 7.7% | intergenic (+280/‑306) | USA300HOU_RS01580/yezG_6 | hypothetical protein/putative antitoxin YezG |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 349744 | 107 (1.230) | intergenic (+296/‑290) | USA300HOU_RS01580/yezG_6 | hypothetical protein/putative antitoxin YezG | |||||
AATTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/349630‑349728‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcaaaaaagATATTAATAGTATATACTTTTTTGCCATTTCGTAAATAAAATTTACCAGCACCTATATGTAATACAATTATAATAATCTTGATAAAATT < USA300TCH1516_ALE/349744‑349656 AATTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGG > 1:3127372/1‑91AATTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGG < 1:2880080/91‑1AATTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGG < 1:2878395/91‑1AATTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGG > 1:3652700/1‑91AATTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGG < 1:2555768/91‑1AATTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGG > 1:3652723/1‑91AATTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGG < 1:3952359/91‑1 ATTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAACTGGC < 1:3272181/91‑1 TTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCA > 1:747678/1‑91 TTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCA < 1:1867135/91‑1 TTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCA > 1:1877374/1‑91 TTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCA > 1:1877464/1‑91 TTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCA < 1:4052309/91‑1 TGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAA < 1:4087293/91‑1 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AGATATTAATAGTATATACTTTTTTGCCATTTCGTAAATAAAATTTACCAGCACCTATATGTAATACAATTATAATAATCTTGATAAAATT < 1:1607292/91‑1 AGATATTAATAGTATATACTTTTTTGCCATTTCGTAAATAAAATTTACCAGCACCTATATGTAATACAATTATAATAATCTTGATAAAATT < 1:1607286/91‑1 AGATATTAATAGTATATACTTTTTTGCCATTTCGTAAATAAAATTTACCAGCACCTATATGTAATACAATTATAATAATCTTGATAAAATT < 1:1607259/91‑1 AATTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/349630‑349728‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcaaaaaagATATTAATAGTATATACTTTTTTGCCATTTCGTAAATAAAATTTACCAGCACCTATATGTAATACAATTATAATAATCTTGATAAAATT < USA300TCH1516_ALE/349744‑349656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |