New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 349728 | 122 (1.240) | 9 (0.100) | 5/142 | NT | 7.7% | intergenic (+280/‑306) | USA300HOU_RS01580/yezG_6 | hypothetical protein/putative antitoxin YezG |
? | USA300TCH1516_ALE | = 349744 | 107 (1.230) | intergenic (+296/‑290) | USA300HOU_RS01580/yezG_6 | hypothetical protein/putative antitoxin YezG |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
ATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTTTAGGGCTATTATTTACAAATAATATAA > USA300TCH1516_ALE/349654‑349833 | ataATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAatat > 1:1740597/1‑91 (MQ=255) ataATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAatat > 1:1342081/1‑91 (MQ=255) aaTTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATct > 1:21789‑M2/1‑89 (MQ=255) aaTTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATct < 1:1607292‑M2/91‑3 (MQ=255) aaTTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATct < 1:1607259‑M2/91‑3 (MQ=255) aatttatCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATctt < 1:145428‑M2/89‑4 (MQ=255) ttttATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATcttt < 1:3262660‑M2/91‑5 (MQ=255) ttttATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATcttt < 1:3262533‑M2/91‑5 (MQ=255) ttttATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATcttt < 1:607700‑M2/91‑5 (MQ=255) ttATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATcttttt < 1:1275118‑M2/91‑7 (MQ=255) ttATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATcttttt > 1:2624931‑M2/1‑85 (MQ=255) tCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATcttttttgc > 1:2508151‑M2/1‑82 (MQ=255) tCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATcttttttgc < 1:2338235‑M2/91‑10 (MQ=255) cAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCt < 1:3472131/91‑1 (MQ=255) 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aaTTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAAt > 1:1587667/1‑91 (MQ=255) ttGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAg < 1:3373417/91‑1 (MQ=255) tGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGt < 1:1270423/91‑1 (MQ=255) tGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGt < 1:1939064/91‑1 (MQ=255) tGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGt < 1:769574/91‑1 (MQ=255) tGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGt < 1:2455581/91‑1 (MQ=255) gTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGtt < 1:2286242/91‑1 (MQ=255) gTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGtt < 1:2822932/91‑1 (MQ=255) tATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTta > 1:3091349/1‑91 (MQ=255) tATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTta < 1:3989605/91‑1 (MQ=255) aTTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaa < 1:2238942/91‑1 (MQ=255) aTTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaa > 1:917438/1‑91 (MQ=255) ttACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaaa < 1:3491840/91‑1 (MQ=255) ttACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaaa < 1:3492030/91‑1 (MQ=255) tACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaaat < 1:537974/91‑1 (MQ=255) tACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaaat < 1:537945/91‑1 (MQ=255) tACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaaat < 1:1004610/91‑1 (MQ=255) tACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaaat > 1:670751/1‑91 (MQ=255) ataGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAaataaata > 1:648894/1‑91 (MQ=255) aGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGa < 1:1871268/91‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGa < 1:1903935/91‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGa < 1:2835341/91‑1 (MQ=255) ggTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGaa > 1:3700287/1‑91 (MQ=255) ggTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGaa > 1:1883203/1‑91 (MQ=255) 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ggTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACaa < 1:3112387/91‑1 (MQ=255) ggTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACaa < 1:1837183/91‑1 (MQ=255) tAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACaaaa < 1:3753050/91‑1 (MQ=255) tAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACaaaa > 1:665342/1‑91 (MQ=255) aaaTTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAaat < 1:2783020/91‑1 (MQ=255) aaTTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAaata < 1:130716/91‑1 (MQ=255) aaTTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAaata > 1:1720205/1‑91 (MQ=255) ttttATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAaataat > 1:66766/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |