New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 349728 | 122 (1.240) | 9 (0.100) | 5/142 | NT | 7.7% | intergenic (+280/‑306) | USA300HOU_RS01580/yezG_6 | hypothetical protein/putative antitoxin YezG |
? | USA300TCH1516_ALE | = 349744 | 107 (1.230) | intergenic (+296/‑290) | USA300HOU_RS01580/yezG_6 | hypothetical protein/putative antitoxin YezG |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
GTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTTTAGGGCTATTAT > USA300TCH1516_ALE/349638‑349818 | ttatttatTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGt > 1:2217720/1‑91 (MQ=255) ttatttatTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGt > 1:1180565/1‑91 (MQ=255) tatttattCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGta < 1:1045764/91‑1 (MQ=255) atttattCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGtat < 1:3062447/91‑1 (MQ=255) atttattCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGtat < 1:4006773/91‑1 (MQ=255) ttactCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGtatat < 1:3217202/91‑1 (MQ=255) 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ataATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAatat > 1:1740597/1‑91 (MQ=255) ataATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAatat > 1:1342081/1‑91 (MQ=255) aaTTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATct < 1:1607286‑M2/91‑3 (MQ=255) aaTTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATct < 1:1607292‑M2/91‑3 (MQ=255) aaTTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATct < 1:3831781‑M2/91‑3 (MQ=255) aaTTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATct < 1:1607259‑M2/91‑3 (MQ=255) aaTTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATct > 1:21592‑M2/1‑89 (MQ=255) aatttatCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATctt < 1:145428‑M2/89‑4 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |