| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 425019 | 103 (1.050) | 17 (0.190) | 9/146 | NT | 15.1% | intergenic (+34/‑392) | USA300HOU_RS01985/gpmA_1 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 425031 | 97 (1.080) | intergenic (+46/‑380) | USA300HOU_RS01985/gpmA_1 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase | |||||
TTAATTGGTTCAATTATCTTAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/424923‑425019‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagatgACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGCAATTA < USA300TCH1516_ALE/425031‑424942 TTAATTGGTTCAATTATCTTAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑A < 1:3209549/91‑1TTAATTGGTTCAATTATCTTAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑A < 1:2006219/91‑1 AATTGGTTCAATTATCTTAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAA < 1:2119856/91‑1 TTGGTTCAATTATCTTAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGA > 1:2835747/1‑91 AATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCA < 1:393683/91‑1 ATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCAT < 1:1372833/91‑1 ATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCAT < 1:1372929/91‑1 GCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGGTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTT < 1:3851349/91‑1 GCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGGTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTT < 1:3851260/91‑1 GCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTT < 1:2911951/91‑1 GCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACAGAATGCCATCTT < 1:3172069/91‑1 AATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTTTA < 1:1938947/91‑1 ATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTTTAT < 1:23217/91‑1 ATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTTTAT < 1:23432/91‑1 GTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTC < 1:2696488/91‑1 GTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTC < 1:3829560/91‑1 GTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTC < 1:1178014/91‑1 GTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTC < 1:3105887/91‑1 AACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAA < 1:76838/91‑1 TAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAAAAGATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAAT < 1:1961423/91‑1 TTGAAAT‑‑‑AAAGATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTT > 1:3431392/1‑91 AAGATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGC > 1:2423846/1‑91 AAGATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGC < 1:4118615/91‑1 GATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGCAA < 1:3406320/91‑1 ATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGCAAT < 1:2943388/91‑1 ATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGCAAT < 1:2235636/91‑1 ATGACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGCAAT < 1:49211/91‑1 TGACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGCAATT < 1:939997/91‑1 GACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGCAATTA > 1:772375/1‑91 GACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGCAATTA > 1:772947/1‑91 GACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGCAATTA < 1:2965091/91‑1 TTAATTGGTTCAATTATCTTAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAAT‑‑‑AAAGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/424923‑425019‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagatgACAACTGAATGCCATCTTTATTTCAATTTCCAATTGAATTTTTTTATTATTTACGCATAGCTCTTAAAATTAACGTTACGATTGCAATTA < USA300TCH1516_ALE/425031‑424942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |