| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 425019 | 103 (1.050) | 17 (0.190) | 9/146 | NT | 15.1% | intergenic (+34/‑392) | USA300HOU_RS01985/gpmA_1 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 425031 | 97 (1.080) | intergenic (+46/‑380) | USA300HOU_RS01985/gpmA_1 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase | |||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TTAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATATTTGAAAATGTAGATAAGATAGGATTAAAAAGTAATAAATTAATAT > USA300TCH1516_ALE/424941‑425121 | tAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTc > 1:772947‑M2/1‑90 (MQ=255) aaTTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTca < 1:939997‑M2/91‑3 (MQ=255) aTTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTcat < 1:2235636‑M2/91‑4 (MQ=255) aTTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTcat < 1:49211‑M2/91‑4 (MQ=255) aTTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTcat < 1:2943388‑M2/91‑4 (MQ=255) ttGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTcatc < 1:3406320‑M2/91‑5 (MQ=255) gCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTcatctt > 1:2423846‑M2/1‑85 (MQ=255) gCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTcatctt < 1:4118615‑M2/91‑7 (MQ=255) aaTCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCtttt > 1:3718711/1‑91 (MQ=255) aTCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCttttt > 1:814532/1‑91 (MQ=255) aTCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCttttt > 1:1875040/1‑91 (MQ=255) tCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCtttttt < 1:3001868/91‑1 (MQ=255) gTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTAt > 1:3791230/1‑91 (MQ=255) gTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTAt > 1:3791010/1‑91 (MQ=255) tAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTAtt < 1:1425194/91‑1 (MQ=255) tAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTAtt < 1:1886109/91‑1 (MQ=255) aaCGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTcatctttatttcaa > 1:3431392‑M2/1‑77 (MQ=255) aCGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTg < 1:3788700/91‑1 (MQ=255) cGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGc < 1:1509120/91‑1 (MQ=255) ttAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGt < 1:1316517/91‑1 (MQ=255) ttAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGt < 1:785611/91‑1 (MQ=255) ttAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGt < 1:2520092/91‑1 (MQ=255) 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agagCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGt < 1:3832707/91‑1 (MQ=255) tATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAata < 1:1809021/91‑1 (MQ=255) tATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAata < 1:1465782/91‑1 (MQ=255) gCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGt < 1:1231282/91‑1 (MQ=255) gCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGt < 1:1233237/91‑1 (MQ=255) cGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGta > 1:399044/1‑91 (MQ=255) cGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGta < 1:1009276/91‑1 (MQ=255) gTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGtat < 1:2455158/91‑1 (MQ=255) tAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGtatt > 1:1100348/1‑91 (MQ=255) tAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGtatt > 1:1100411/1‑91 (MQ=255) aataatAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGtattat < 1:1056804/91‑1 (MQ=255) aataatAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGtattat < 1:2294015/91‑1 (MQ=255) taataaAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTataa > 1:76729/1‑91 (MQ=255) taataaAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTataa > 1:449930/1‑91 (MQ=255) taataaAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTataa > 1:1230540/1‑91 (MQ=255) ataaAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTataata < 1:115840/91‑1 (MQ=255) taaAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAatat > 1:1578735/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATAtt < 1:784227/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATAttt > 1:959573/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATAttt < 1:811978/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATAttt < 1:1528704/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATAttt < 1:173012/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGTCAATTGGAGATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATAttt < 1:1528683/91‑1 (MQ=255) aaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATATTTGa < 1:3722132/91‑1 (MQ=255) 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cATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATATTTGAAAATGTAGATAAGATAGGATTAAAAAGtaat < 1:307421/91‑1 (MQ=255) ttCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATATTTGAAAATGTAGATAAGATAGGATTAAAAAGtaataa > 1:551255/1‑91 (MQ=255) ttCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATATTTGAAAATGTAGATAAGATAGGATTAAAAAGtaataa > 1:1383744/1‑91 (MQ=255) tCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATATTTGAAAATGTAGATAAGATAGGATTAAAAAGTAATaaa < 1:418369/91‑1 (MQ=255) aGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATATTTGAAAATGTAGATAAGATAGGATTAAAAAGTAATAAAtt < 1:2159951/91‑1 (MQ=255) tCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATATTTGAAAATGTAGATAAGATAGGATTAAAAAGTAATAAATTAatat > 1:691765/1‑91 (MQ=255) | TTAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATATTTGAAAATGTAGATAAGATAGGATTAAAAAGTAATAAATTAATAT > USA300TCH1516_ALE/424941‑425121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |