| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 433374 = | 104 (1.060) | 6 (0.070) | 4/132 | NT | 7.6% | intergenic (‑783/+194) | tcyP/USA300HOU_RS02040 | L‑cystine uptake protein TcyP/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 433453 = | 61 (0.750) | intergenic (‑862/+115) | tcyP/USA300HOU_RS02040 | L‑cystine uptake protein TcyP/hypothetical protein | |||||
TTTCAAATTTAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/433476‑433374‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtttcaggttttATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGAATTGAGTA > USA300TCH1516_ALE/433453‑433542 TTTCAAATTTAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTT > 1:2866614/1‑91 TTCAAATTTAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTG > 1:3110347/1‑91 TCAAATTTAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGT > 1:2970963/1‑91 AAATTTAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTT < 1:1384069/91‑1 AAATTTAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTT < 1:2410702/91‑1 AATTTAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTC > 1:836054/1‑91 ATTTAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCA < 1:23215/91‑1 ATTTAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCA < 1:2670927/91‑1 TTTAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAG < 1:207137/91‑1 TAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGT > 1:236337/1‑91 TAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGT > 1:1326982/1‑91 TAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGT > 1:1368503/1‑91 AATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTT < 1:1711715/91‑1 AATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTT < 1:1711258/91‑1 AATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTT < 1:3993746/91‑1 TACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTTTT < 1:535002/91‑1 TACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTTTT > 1:593448/1‑91 TACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTGTCAGGTTTT > 1:2333842/1‑91 GAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATT > 1:1711742/1‑91 AGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAG > 1:23577/1‑91 CTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAG > 1:3808530/1‑91 CTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAG > 1:3919907/1‑91 CTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAG > 1:573515/1‑91 ATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGG < 1:154183/91‑1 TTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATA < 1:4055590/91‑1 TTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATA < 1:91329/91‑1 TGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATAT < 1:3747489/91‑1 TGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATAT < 1:3747518/91‑1 TGTGTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATAT < 1:3210868/91‑1 GTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATA < 1:2871297/91‑1 TTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATAT > 1:1038565/1‑91 TTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATAT > 1:1092230/1‑91 TTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATAT > 1:642507/1‑91 TTTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATAT > 1:1599878/1‑91 TTCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATG > 1:2803049/1‑91 TCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGA > 1:3430711/1‑91 TCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGA > 1:3647449/1‑91 TCAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGA < 1:1295940/91‑1 CAGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGAA > 1:3865369/1‑91 AGGTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGAAT < 1:6227/91‑1 GTTTTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGAATTG < 1:2410989/91‑1 TTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGAATTGAGT > 1:4014629/1‑91 TTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGAATTGAGT > 1:1838422/1‑91 TTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGAATTGAGT < 1:324660/91‑1 TTATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGAATTGAGT < 1:327349/91‑1 TATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGAATTGAGTA > 1:713240/1‑91 TTTCAAATTTAATACTCAATTCATAAAACCTGAAACAAGCTGATATACTCCATTCAATATCTACTTTGAAGAGAGCATATCAAACTAATTTGTTTCAGGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/433476‑433374‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtttcaggttttATGAATTGAGTATTAAATTTGAAAGTAAATTACAGTTCTATAGGTTTATAAAAATCAGTTTTTAAATCAAAGCTATATATGAATTGAGTA > USA300TCH1516_ALE/433453‑433542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |