| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 433374 = | 104 (1.060) | 6 (0.070) | 4/132 | NT | 7.6% | intergenic (‑783/+194) | tcyP/USA300HOU_RS02040 | L‑cystine uptake protein TcyP/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 433453 = | 61 (0.750) | intergenic (‑862/+115) | tcyP/USA300HOU_RS02040 | L‑cystine uptake protein TcyP/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
ATTTAGAAGTACACAGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTA > USA300TCH1516_ALE/433284‑433464 | tactcaattcatatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcata > 1:713240‑M1/91‑91 (MQ=255) actcaattcatatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcataa > 1:1838422‑M1/90‑91 (MQ=255) actcaattcatatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcataa < 1:324660‑M1/2‑1 (MQ=255) actcaattcatatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcataa < 1:327349‑M1/2‑1 (MQ=255) actcaattcatatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcataa > 1:4014629‑M1/90‑91 (MQ=255) caattcatatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAAc < 1:2410989‑M1/5‑1 (MQ=255) gAAGTACACAGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAAcc > 1:3673245/1‑91 (MQ=255) attcatatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCt < 1:6227‑M1/7‑1 (MQ=255) aaGTACACAGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCt > 1:2733528/1‑91 (MQ=255) aaGTACACAGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCt < 1:1274326/91‑1 (MQ=255) aaGTACACAGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACCATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTCATCATAATGAATAATTAAACAACCt > 1:3863066/1‑91 (MQ=255) ttcatatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTg > 1:3865369‑M1/84‑91 (MQ=255) aGTACACAGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTg < 1:1474202/91‑1 (MQ=255) aGTACACAGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTg > 1:510171/1‑91 (MQ=255) aGTACACAGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTg > 1:2638788/1‑91 (MQ=255) tcatatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGa > 1:3647449‑M1/83‑91 (MQ=255) tcatatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGa < 1:1295940‑M1/9‑1 (MQ=255) tACACAGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGaa > 1:346535/1‑91 (MQ=255) tACACAGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGaa > 1:910558/1‑91 (MQ=255) catatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGaa > 1:2803049‑M1/82‑91 (MQ=255) atatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGaaa > 1:1599878‑M1/81‑91 (MQ=255) atatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGaaa > 1:642507‑M1/81‑91 (MQ=255) atatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGaaa > 1:1092230‑M1/81‑91 (MQ=255) atatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGaaa > 1:1038565‑M1/81‑91 (MQ=255) tatatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGAAAc < 1:2871297‑M1/12‑1 (MQ=255) cacaGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAAc < 1:438587/91‑1 (MQ=255) cacaGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAAc > 1:937779/1‑91 (MQ=255) cacaGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAAc > 1:1234498/1‑91 (MQ=255) atatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGAcaca < 1:3210868‑M1/13‑1 (MQ=255) atatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGAAACa < 1:3747489‑M1/13‑1 (MQ=255) tatagctttgatttaaaaactgatttttataaacctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGAAACaa < 1:4055590‑M1/14‑1 (MQ=255) gAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAAt < 1:3667242/91‑1 (MQ=255) gAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAAt > 1:3798954/1‑91 (MQ=255) gAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAAt > 1:4083370/1‑91 (MQ=255) gCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAg < 1:2321814/91‑1 (MQ=255) gCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAg < 1:2842615/91‑1 (MQ=255) gCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAg > 1:1788970/1‑91 (MQ=255) gCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAg < 1:2842557/91‑1 (MQ=255) gCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAg < 1:1600558/91‑1 (MQ=255) ccATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGt > 1:4036353/1‑91 (MQ=255) cATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGtt > 1:2346386/1‑91 (MQ=255) aTCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGTAACAAATTAGttt > 1:1684225/1‑91 (MQ=255) cccATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGa > 1:3922568/1‑91 (MQ=255) cccATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGa > 1:1831731/1‑91 (MQ=255) ccATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGat > 1:3819726/1‑91 (MQ=255) ccATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGat < 1:1636498/91‑1 (MQ=255) ccATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGat < 1:1636710/91‑1 (MQ=255) ccATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGat < 1:479071/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGatat > 1:2052513/1‑91 (MQ=255) tttAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATg < 1:1339458/91‑1 (MQ=255) aaaGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATTctct > 1:3452049/1‑91 (MQ=255) aGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGctctct > 1:3348644/1‑91 (MQ=255) aGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGctctct > 1:1576760/1‑91 (MQ=255) tAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTc > 1:2726891/1‑91 (MQ=255) aaCATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCa < 1:2850931/91‑1 (MQ=255) aaCATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATACTCTCTTCa > 1:2976456/1‑91 (MQ=255) aCATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCaa < 1:2243995/91‑1 (MQ=255) aCATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCaa > 1:1870905/1‑91 (MQ=255) cATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCaaa < 1:1431690/91‑1 (MQ=255) aTACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAg < 1:2823283/91‑1 (MQ=255) aTACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAg < 1:2823099/91‑1 (MQ=255) aTACAATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCaatg > 1:855401/1‑89 (MQ=255) tataAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAGACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGa < 1:1489251/91‑1 (MQ=255) tataAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGa < 1:1490276/91‑1 (MQ=255) cctatagaactgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGatat < 1:154183‑M1/47‑1 (MQ=255) aaaaaTTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGatat < 1:916519/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATAtt > 1:1657816/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATAtt > 1:1658178/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATAtt < 1:1049127/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGa < 1:1865026/91‑1 (MQ=255) ttCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAg > 1:1974998/1‑91 (MQ=255) ttCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAg > 1:2005529/1‑91 (MQ=255) ttCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAg > 1:2708327/1‑91 (MQ=255) ttCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAg > 1:2708588/1‑91 (MQ=255) ttCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAg < 1:3014481/91‑1 (MQ=255) ttCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAg < 1:3014377/91‑1 (MQ=255) ctgtaatttactttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAg > 1:3808530‑M1/36‑91 (MQ=255) cAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGta > 1:374429/1‑91 (MQ=255) aaTTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTatat < 1:1002395/91‑1 (MQ=255) aTTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATc < 1:3435013/91‑1 (MQ=255) cAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACACATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGc > 1:1743237/1‑91 (MQ=255) cAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGc < 1:3958068/91‑1 (MQ=255) cAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGc > 1:2220015/1‑91 (MQ=255) cAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGc > 1:1743286/1‑91 (MQ=255) ctttcaaatttaatactcaattcatAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCt > 1:23577‑M1/26‑91 (MQ=255) atatTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTTATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCtt > 1:3293553/1‑91 (MQ=255) atatTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCtt > 1:1244253/1‑91 (MQ=255) atatTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTAATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCtt > 1:3295836/1‑91 (MQ=255) tatTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTg > 1:342459/1‑91 (MQ=255) cATAATGAATAATTAAAATTCCTGAACCAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAgg < 1:1843740/91‑1 (MQ=255) cATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAgg < 1:3017194/91‑1 (MQ=255) aTAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAGGt < 1:3935942/91‑1 (MQ=255) tAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAGGtt < 1:2934954/91‑1 (MQ=255) aTGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAGGtttt < 1:4033675/91‑1 (MQ=255) aTGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAGGtttt < 1:4033480/91‑1 (MQ=255) aTGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAGGtttt > 1:224195/1‑91 (MQ=255) aatTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAGGTTTTATGAAt > 1:388142/1‑91 (MQ=255) AAAACCTGACACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTa > 1:2333842‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTa < 1:535002‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTa > 1:593448‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATTTAGAAGTACACAGAAGCCATCCCATTTAAAAGTAACATACTATAAAAATTTATTCAAAATTCAATATTAATCATAATGAATAATTAAAAAACCTGAAACAAATTAGTTTGATATGCTCTCTTCAAAGTAGATATTGAATGGAGTATATCAGCTTGTTTCAGGTTTTATGAATTGAGTA > USA300TCH1516_ALE/433284‑433464 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |