| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 551684 = | 84 (0.850) | 15 (0.170) | 8/146 | NT | 17.1% | intergenic (+13/‑203) | cysK/folP | Cysteine synthase/Dihydropteroate synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 551723 = | 69 (0.770) | intergenic (+52/‑164) | cysK/folP | Cysteine synthase/Dihydropteroate synthase | |||||
TTTATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/551780‑551684‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcttttTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATAAACGT > USA300TCH1516_ALE/551723‑551811 TTTATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCAC < 1:2214810/91‑1TTTATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCAC > 1:1635224/1‑91 TATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTC > 1:1502778/1‑91 ATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCT > 1:3813050/1‑91 ATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCT > 1:3730814/1‑91 ATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCT < 1:3561797/91‑1 ATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCT > 1:3939324/1‑91 ATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCT < 1:4039525/91‑1 ATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCT > 1:1720709/1‑91 ATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCT > 1:596020/1‑91 TCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTT < 1:1694886/91‑1 TCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTT < 1:2713059/91‑1 AAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTTGCTCTTTTTTTC > 1:2410055/1‑91 AAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTTGCTCTTTTTTTC > 1:1305283/1‑91 ATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCTTTTTTTCTACCATGTA < 1:1232706/91‑1 AAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTT > 1:3826325/1‑91 AAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTG > 1:1123888/1‑91 AAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGA > 1:4088119/1‑91 AAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGA > 1:320551/1‑91 AAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGA > 1:4088081/1‑91 AGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGAT > 1:3897546/1‑91 AGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGAT > 1:3836528/1‑91 AGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTTTTTTCTACCTTGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATCAAACATTTTTCTGATAA > 1:2481583/1‑91 AGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAA > 1:2481499/1‑91 GTTATCTCAAAAAGATAACTTGCTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATA > 1:1741165/1‑91 ATCTCAAAAAGATAACTTGCTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCC > 1:539296/1‑91 ATCTCAAAAAGATAACTTGCTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCC > 1:640291/1‑91 TCTCAAAAAGATAACTTGCTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCA > 1:2567400/1‑91 TCTCAAAAAGATAACTTGCTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCA > 1:2567352/1‑91 CTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATA > 1:1540900/1‑91 CTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATA > 1:1019862/1‑91 TCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATAA < 1:3642509/91‑1 TCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATAA > 1:2726061/1‑91 TCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATAA > 1:2113413/1‑91 CTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATAAA < 1:3716646/91‑1 CTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATAAA > 1:173775/1‑91 CTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTGAAATTAAACAGTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATAAA < 1:1075069/91‑1 TTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATAAACGT > 1:4021780/1‑91 TTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATAAACGT > 1:4021884/1‑91 TTTATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAAATATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/551780‑551684‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcttttTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAATATCCAGTGAATGATAAGATAATAAACGT > USA300TCH1516_ALE/551723‑551811 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |