| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 551684 = | 84 (0.850) | 15 (0.170) | 8/146 | NT | 17.1% | intergenic (+13/‑203) | cysK/folP | Cysteine synthase/Dihydropteroate synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 551723 = | 69 (0.770) | intergenic (+52/‑164) | cysK/folP | Cysteine synthase/Dihydropteroate synthase | |||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GGTAAAACAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCTTTTTTTCTACCATGTATATTTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTT > USA300TCH1516_ALE/551594‑551772 | gTAAAACAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTaa > 1:157115/1‑91 (MQ=255) gTAAAACAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTaa < 1:288937/91‑1 (MQ=255) acgtttattatcttatcattcactggatatttttatcagaaaaatgtttaatttaacgctcatatttttaaaaatatacatggtagaaaaa > 1:4021884‑M1/90‑91 (MQ=255) aaaaCAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTaaaa > 1:1439631/1‑91 (MQ=255) aaaaCAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTaaaa < 1:742964/91‑1 (MQ=255) aaaaCAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTaaaa > 1:3222795/1‑91 (MQ=255) aaaaCAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTaaaa > 1:3255334/1‑91 (MQ=255) aaaaCAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTaaaa > 1:3255026/1‑91 (MQ=255) tttattatcttatcattcactggatatttttatcagaaaaatgtttaatttaacgctcatatttttaaaaatatacatggtagaaaAAAag > 1:173775‑M1/87‑91 (MQ=255) tttattatcttatcattcactggatatttttatcagaaaaatgtttaatttaacgctcatatttttaaaaatatacatggtagaaaAAAag < 1:3716646‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaCAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAag > 1:2786394/1‑91 (MQ=255) ttattatcttatcattcactggatatttttatcagaaaaatgtttaatttaacgctcatatttttaaaaatatacatggtagaaaAAAaga > 1:2113413‑M1/86‑91 (MQ=255) aaCAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAaga < 1:1985480/91‑1 (MQ=255) tattatcttatcattcactggatatttttatcagaaaaatgtttaatttaacgctcatatttttaaaaatatacatggtagaaaAAAagag > 1:1540900‑M1/85‑91 (MQ=255) tattatcttatcattcactggatatttttatcagaaaaatgtttaatttaacgctcatatttttaaaaatatacatggtagaaaAAAagag > 1:1019862‑M1/85‑91 (MQ=255) aCAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAagag > 1:4104919/1‑91 (MQ=255) aCAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAagag > 1:2995618/1‑91 (MQ=255) cAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAgagt < 1:1676165/91‑1 (MQ=255) cAGTAGTAACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAgagt < 1:2225536/91‑1 (MQ=255) gtagtaACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAgagtga > 1:727826/1‑91 (MQ=255) tagtaACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAgagtgag > 1:3639461/1‑91 (MQ=255) tagtaACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAgagtgag > 1:2589711/1‑91 (MQ=255) agtaACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAgagtgagt < 1:3906433/91‑1 (MQ=255) gtaACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGtt < 1:3076280/91‑1 (MQ=255) taACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTa < 1:811340/91‑1 (MQ=255) taACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTa < 1:2070709/91‑1 (MQ=255) taACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTa < 1:811756/91‑1 (MQ=255) taACAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATCTAAAAGAGTGAGTTa < 1:3529210/91‑1 (MQ=255) aaCAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTAt > 1:256626/1‑91 (MQ=255) aaCAGTATTGCCGAGTAATGGTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTAt > 1:898234/1‑91 (MQ=255) 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ttatcagaaaaatgtttgatttaacgctcatatttttaaaaatatacaaggtagaaaAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGct > 1:2481583‑M1/58‑91 (MQ=255) ggTGAACGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGct > 1:337224/1‑91 (MQ=255) atcagaaaaatgtttaatttaacgctcatatttttaaaaatatacatggtagaaaAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGctct > 1:3897546‑M1/56‑91 (MQ=255) tcagaaaaatgtttaatttaacgctcatatttttaaaaatatacatggtagaaaAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCtt > 1:4088081‑M1/55‑91 (MQ=255) tcagaaaaatgtttaatttaacgctcatatttttaaaaatatacatggtagaaaAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCtt > 1:4088119‑M1/55‑91 (MQ=255) tcagaaaaatgtttaatttaacgctcatatttttaaaaatatacatggtagaaaAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCtt > 1:320551‑M1/55‑91 (MQ=255) cagaaaaatgtttaatttaacgctcatatttttaaaaatatacatggtagaaaAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCttt > 1:1123888‑M1/54‑91 (MQ=255) aCGCTACTTATCAACACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCtttt > 1:1128603/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |