| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 584107 = | 77 (0.780) | 7 (0.080) | 6/142 | NT | 9.6% | intergenic (+191/‑81) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 584138 = | 64 (0.730) | intergenic (+222/‑50) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 | |||||
TTCAATGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/584205‑584107‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagtgcttTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGAT > USA300TCH1516_ALE/584138‑584226 TTCAATGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAA > 1:3822266/1‑91 TCAATGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAA < 1:1585465/91‑1 CAATGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAA < 1:606171/91‑1 AATGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAG < 1:1771082/91‑1 ATGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGT < 1:1519006/91‑1 ATGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGT < 1:651364/91‑1 TGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTG > 1:2187710/1‑91 TGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTG > 1:2187846/1‑91 TGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTG > 1:2297005/1‑91 TGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTG > 1:2297018/1‑91 GATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTGC < 1:3994396/91‑1 TAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTGCTT < 1:378990/91‑1 TAGCAGACATTCAGACACCACCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTGCTT < 1:1245195/91‑1 TAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAA > 1:1436780/1‑91 AAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTA > 1:2169676/1‑91 AGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTAT > 1:619468/1‑91 CACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCA > 1:1727415/1‑91 CACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCA > 1:45148/1‑91 TTTCTACCCACGGCAAAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTG > 1:4127473/1‑91 TCTACCCACGGCAAAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAA > 1:3381625/1‑91 AAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTA > 1:2769828/1‑91 TGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTT > 1:712674/1‑91 GCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTG > 1:3532657/1‑91 CTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAATACAACTAGTTGA < 1:983608/91‑1 CTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGA > 1:3937099/1‑91 CTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGA < 1:984516/91‑1 TTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGAT < 1:2948044/91‑1 TTCAATGATAGCAGACATTCAGACACCTCCATTTAAATTTTTGGTGCTTTTTTTAAAATTAATAAAAAAAGCACTTTCTACCCACGGCAAAAAGTGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/584205‑584107‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagtgcttTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGAT > USA300TCH1516_ALE/584138‑584226 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |