| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 584107 = | 77 (0.780) | 7 (0.080) | 6/142 | NT | 9.6% | intergenic (+191/‑81) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 584138 = | 64 (0.730) | intergenic (+222/‑50) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTA > USA300TCH1516_ALE/584018‑584197 | tttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCaa < 1:1242645/91‑1 (MQ=255)tttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCaa < 1:420892/91‑1 (MQ=255)tttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCaa < 1:1282731/91‑1 (MQ=255)atcaactagttgttttttagcttcaatgatagcagacattcagacacctccatttaaatttttggtgctttttttaaaattaataaaaaaa < 1:2948044‑M1/2‑1 (MQ=255) ttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCAAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAg > 1:2323663/1‑91 (MQ=255) tcaactagttgttttttagcttcaatgatagcagacattcagacacctccatttaaatttttggtgctttttttaaaattaataaaaaAAg > 1:3937099‑M1/89‑91 (MQ=255) tcaactagttgtattttagcttcaatgatagcagacattcagacacctccatttaaatttttggtgctttttttaaaattaataaaaaAAg < 1:983608‑M1/3‑1 (MQ=255) tACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGc > 1:1126804/1‑91 (MQ=255) caactagttgttttttagcttcaatgatagcagacattcagacacctccatttaaatttttggtgctttttttaaaattaataaaaaAAGc > 1:3532657‑M1/88‑91 (MQ=255) aactagttgttttttagcttcaatgatagcagacattcagacacctccatttaaatttttggtgctttttttaaaattaataaaaaAAGCa > 1:712674‑M1/87‑91 (MQ=255) cTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACt < 1:1579795/91‑1 (MQ=255) cTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACt < 1:3244068/91‑1 (MQ=255) cTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACt < 1:532771/91‑1 (MQ=255) tAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACtt < 1:2354299/91‑1 (MQ=255) tAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACtt < 1:2295916/91‑1 (MQ=255) aaGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACttt < 1:2149546/91‑1 (MQ=255) gACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACttttt < 1:2338372/91‑1 (MQ=255) aCAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTg < 1:2712085/91‑1 (MQ=255) tAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGt < 1:538978/91‑1 (MQ=255) aGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTg < 1:161537/91‑1 (MQ=255) aGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTg > 1:3898269/1‑91 (MQ=255) ggAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTgg > 1:2412622/1‑91 (MQ=255) gAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTggg < 1:3469748/91‑1 (MQ=255) ttatttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAg < 1:2363692/91‑1 (MQ=255) ttcaatgatagcagacattcagacacctccatttaaatttttggtgctttttttaaaattaataaaaaAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGa > 1:3381625‑M1/69‑91 (MQ=255) tatttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGa > 1:2931643/1‑91 (MQ=255) atttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGaa < 1:1930293/91‑1 (MQ=255) atttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGaa < 1:3027905/91‑1 (MQ=255) atttatAACTTAAAATTTATCCGGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGACCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGaa < 1:3517413/91‑1 (MQ=255) caatgatagcagacattcagacacctccatttaaatttttggtgctttttttaaaattaataaaaaAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGaaa > 1:4127473‑M1/67‑91 (MQ=255) ttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAg < 1:2373679/91‑1 (MQ=255) ttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAg < 1:1667755/91‑1 (MQ=255) tataACTTAAAATTTATCCTGTCGAGGCTAAAAGTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGt < 1:3686501/91‑1 (MQ=255) tataACTTAAAATTTATCCTGTCGAGGCTAAAAGTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGt < 1:3686479/91‑1 (MQ=255) tgatagcagacattcagacacctccatttaaatttttggtgctttttttaaaattaataaaaaAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTg > 1:45148‑M1/64‑91 (MQ=255) tgatagcagacattcagacacctccatttaaatttttggtgctttttttaaaattaataaaaaAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTg > 1:1727415‑M1/64‑91 (MQ=255) ataACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTg < 1:3354558/91‑1 (MQ=255) ataACTGAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTg > 1:3221841/1‑91 (MQ=255) taACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGTACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGc > 1:3856341/1‑91 (MQ=255) atagcagacattcagacacctccatttaaatttttggtgctttttttaaaattaataaaaaAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCt > 1:619468‑M1/62‑91 (MQ=255) ttAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCtttt < 1:460993/91‑1 (MQ=255) ttAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCtttt < 1:836504/91‑1 (MQ=255) tAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCttttt > 1:1621688/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCttttttt > 1:2693110/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCttttttt > 1:2693093/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCttttttt > 1:966310/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTCGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCttttttt > 1:2693074/1‑91 (MQ=255) aaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTtta < 1:2835350/91‑1 (MQ=255) aTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttat < 1:1887243/91‑1 (MQ=255) ttcagacacctccatttaaatttttggtgctttttttaaaattaataaaaaAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttatta > 1:1436780‑M1/52‑91 (MQ=255) aTCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAt > 1:4025956/1‑91 (MQ=255) aTCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAt > 1:1325225/1‑91 (MQ=255) aTCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAt > 1:2837550/1‑91 (MQ=255) tCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAtt < 1:3476509/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |