| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 633311 = | 98 (1.000) | 12 (0.150) | 9/134 | NT | 13.0% | intergenic (+35/‑509) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 633354 = | 79 (0.960) | intergenic (+78/‑466) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT | |||||
GTGGGGGTTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/633412‑633311‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGG > USA300TCH1516_ALE/633354‑633443 GTGGGGGTTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCT < 1:271844/91‑1 TGGGGGTTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTT < 1:3981377/91‑1 TGGGGGTTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTT < 1:3284886/91‑1 GGGGGTTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTT > 1:2225154/1‑91 GGGGTTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTA > 1:4107462/1‑91 GGGTTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAA < 1:976037/91‑1 GGGTTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAA > 1:3954913/1‑91 GGGTTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAA < 1:1968160/91‑1 GTTTTTGTATATACATAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAG > 1:1001551/1‑91 GTTTTTGTATATACATAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAG > 1:2022488/1‑91 GTTTTTGTATATACATAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAG > 1:2022443/1‑91 TTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGT < 1:3564845/91‑1 TTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGT < 1:3488599/91‑1 TTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGT > 1:2415586/1‑91 ATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCT > 1:1437212/1‑91 ATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCT < 1:588462/91‑1 TGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTT < 1:3033971/91‑1 GTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTT < 1:1473475/91‑1 GTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTT < 1:1473538/91‑1 TTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACT > 1:1937000/1‑91 CACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAA > 1:1008957/1‑91 CACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAA > 1:1298012/1‑91 CACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAA > 1:3222312/1‑91 CACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAA > 1:1297999/1‑91 TTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACC > 1:2111021/1‑91 TTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACC > 1:3025176/1‑91 TTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCC > 1:1133145/1‑91 AAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCC > 1:4134720/1‑91 AGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCAC > 1:3101509/1‑91 GTTATCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACT > 1:3275376/1‑91 GAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGA > 1:2599999/1‑91 TTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGG < 1:1307870/91‑1 TTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGG < 1:1755632/91‑1 TTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGG > 1:3121430/1‑91 TAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGG > 1:1907069/1‑91 AAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGG > 1:877199/1‑91 AAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGA > 1:837536/1‑91 AAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGA < 1:3840339/91‑1 AGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAA > 1:332861/1‑91 AGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAA > 1:333124/1‑91 AGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAA < 1:1759488/91‑1 TGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAG < 1:3138580/91‑1 TGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAG < 1:1267194/91‑1 TGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAG < 1:343742/91‑1 TGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAG < 1:2476408/91‑1 CTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAG > 1:374679/1‑91 CTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAG > 1:1568106/1‑91 TTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGG < 1:375101/91‑1 TTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGG < 1:673007/91‑1 TTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGG > 1:1273905/1‑91 TTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGG < 1:2691597/91‑1 TTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGG < 1:2162573/91‑1 TTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGG < 1:855378/91‑1 GTGGGGGTTTATGTATATACAAAAACTTTATTACGGCTAATTACAGTTCTCAATTTAAAAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/633412‑633311‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGG > USA300TCH1516_ALE/633354‑633443 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |