| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 633311 = | 98 (1.000) | 12 (0.150) | 9/134 | NT | 13.0% | intergenic (+35/‑509) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 633354 = | 79 (0.960) | intergenic (+78/‑466) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT | |||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
ATTATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACA > USA300TCH1516_ALE/633221‑633401 | ccctctttcccccattgcgataatcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaa < 1:2162573‑M1/1‑1 (MQ=255)ccctctttcccccattgcgataatcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaa < 1:855378‑M1/1‑1 (MQ=255) ttatGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATaa > 1:1005515/1‑91 (MQ=255) cctctttcccccattgcgataatcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaaa < 1:375101‑M1/2‑1 (MQ=255) tatGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAg > 1:860921/1‑91 (MQ=255) ctctttcccccattgcgataatcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAg > 1:1568106‑M1/89‑91 (MQ=255) ctctttcccccattgcgataatcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAg > 1:374679‑M1/89‑91 (MQ=255) atGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGc < 1:3050892/91‑1 (MQ=255) tGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCa > 1:3810634/1‑91 (MQ=255) ctttcccccattgcgataatcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCa < 1:3138580‑M1/5‑1 (MQ=255) ctttcccccattgcgataatcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCa < 1:343742‑M1/5‑1 (MQ=255) ctttcccccattgcgataatcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCa < 1:1267194‑M1/5‑1 (MQ=255) ctttcccccattgcgataatcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCa < 1:2476408‑M1/5‑1 (MQ=255) gCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCAc < 1:3193845/91‑1 (MQ=255) 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ccattgcgataatcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTaaa < 1:1307870‑M1/12‑1 (MQ=255) tCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGc < 1:2250675/91‑1 (MQ=255) ccAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCt < 1:3923974/91‑1 (MQ=255) cAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCta > 1:2158960/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCtag < 1:1551019/91‑1 (MQ=255) aaaGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCtagt < 1:2202728/91‑1 (MQ=255) aagaagCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACATTAAAGCtagta < 1:3201430/91‑1 (MQ=255) gaagCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAgg > 1:2811905/1‑91 (MQ=255) tcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTc > 1:2599999‑M1/68‑91 (MQ=255) gCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTc > 1:3711649/1‑91 (MQ=255) cATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCt < 1:357743/91‑1 (MQ=255) cATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCt < 1:3097886/91‑1 (MQ=255) cATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCt < 1:3798116/91‑1 (MQ=255) cATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCt < 1:1891170/91‑1 (MQ=255) aTTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTg < 1:477689/91‑1 (MQ=255) aTTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTg < 1:3009639/91‑1 (MQ=255) aTTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTg > 1:1429403/1‑91 (MQ=255) aTTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTg < 1:1213304/91‑1 (MQ=255) agtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGATAAc > 1:3275376‑M1/61‑91 (MQ=255) gtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACt > 1:3101509‑M1/60‑91 (MQ=255) tggGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACtt < 1:3671506/91‑1 (MQ=255) gggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACttt > 1:4134720‑M1/58‑91 (MQ=255) ggTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTa > 1:1733860/1‑91 (MQ=255) ttAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTaaa > 1:2365595/1‑91 (MQ=255) ggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTaaa > 1:2111021‑M1/55‑91 (MQ=255) ggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTaaa > 1:3025176‑M1/55‑91 (MQ=255) ttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTg > 1:1008957‑M1/52‑91 (MQ=255) ttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTg > 1:1298012‑M1/52‑91 (MQ=255) ttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTg > 1:1297999‑M1/52‑91 (MQ=255) aaGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGCATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTg > 1:3287938/1‑91 (MQ=255) aGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGc < 1:1999529/91‑1 (MQ=255) aGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGc > 1:1272394/1‑91 (MQ=255) 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tataAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGtatat > 1:3501129/1‑91 (MQ=255) taAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTCGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATAc > 1:3848644/1‑91 (MQ=255) taAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATAc < 1:3376064/91‑1 (MQ=255) taAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATAc < 1:3376230/91‑1 (MQ=255) aAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATAc < 1:1473475‑M1/90‑1 (MQ=255) AAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACa < 1:3033971‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATTATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACA > USA300TCH1516_ALE/633221‑633401 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |