| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 633311 = | 98 (1.000) | 12 (0.150) | 9/134 | NT | 13.0% | intergenic (+35/‑509) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 633354 = | 79 (0.960) | intergenic (+78/‑466) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT | |||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
ACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGG > USA300TCH1516_ALE/633264‑633444 | gtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaaagcactttaaagctagtaggttctgctaactttaaagtgcttt < 1:1473538‑M2/1‑1 (MQ=255)gtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaaagcactttaaagctagtaggttctgctaactttaaagtgcttt < 1:1473475‑M2/1‑1 (MQ=255)aCGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCttt > 1:1423354/1‑91 (MQ=255) gTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCttttt > 1:3370764/1‑91 (MQ=255) aGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTaaa < 1:1367808/91‑1 (MQ=255) aGAATTAGAGATGTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTaaa > 1:3195954/1‑91 (MQ=255) aaTTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAAtt < 1:457344/91‑1 (MQ=255) aaTTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAAtt < 1:3377357/91‑1 (MQ=255) aaTTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAAtt > 1:1408027/1‑91 (MQ=255) ttAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTga > 1:3097912/1‑91 (MQ=255) tAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGATTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTgag > 1:3393155/1‑91 (MQ=255) agagATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTgaga > 1:3002146/1‑91 (MQ=255) agagATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTgaga > 1:4060631/1‑91 (MQ=255) agagATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTgaga < 1:362723/91‑1 (MQ=255) 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aaaaaGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGc < 1:2277411/91‑1 (MQ=255) aaaaGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGcc > 1:682324/1‑91 (MQ=255) aaGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGt > 1:66279/1‑91 (MQ=255) ataAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaata < 1:2697731/91‑1 (MQ=255) ataAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaata < 1:3027980/91‑1 (MQ=255) taAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaataa > 1:1939291/1‑91 (MQ=255) taAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaataa < 1:716332/91‑1 (MQ=255) agttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATaaa > 1:1937000‑M1/16‑91 (MQ=255) aaaTCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATaaa > 1:668164/1‑91 (MQ=255) aaaTCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATaaa < 1:3905813/91‑1 (MQ=255) aaaTCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATaaa > 1:3185023/1‑91 (MQ=255) aaaTCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATaaa > 1:3749525/1‑91 (MQ=255) aaaTCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATaaa > 1:3628882/1‑91 (MQ=255) aaaTCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATaaa > 1:2449056/1‑91 (MQ=255) aatcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAg < 1:125783/91‑1 (MQ=255) atcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGt > 1:1954330/1‑91 (MQ=255) atcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGt < 1:3210630/91‑1 (MQ=255) tcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGtt > 1:3123362/1‑91 (MQ=255) caatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGttt < 1:116732/91‑1 (MQ=255) caatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGttt < 1:115677/91‑1 (MQ=255) atcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAGAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGttttt < 1:3291148/91‑1 (MQ=255) tatataAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGtat > 1:2532234/1‑91 (MQ=255) tatataAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGtat > 1:183689/1‑91 (MQ=255) atataAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGtata > 1:96276/1‑91 (MQ=255) atataAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTAAAAGTGCTTTTTAGATTGAGAACTGTAGTTAGCCGTAATAAAGTTTTCGtatc > 1:3854827/1‑90 (MQ=255) tataAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGtatat > 1:3501129/1‑91 (MQ=255) taAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTCGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATAc > 1:3848644/1‑91 (MQ=255) taAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATAc < 1:3376064/91‑1 (MQ=255) aAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATAc < 1:1473538‑M1/90‑1 (MQ=255) AGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACAt < 1:588462‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACAt > 1:1437212‑M1/1‑91 (MQ=255) cactttaaagttagcagaacctactagctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATaa > 1:1298012‑M2/41‑91 (MQ=255) cactttaaagttagcagaacctactagctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATaa > 1:1297999‑M2/41‑91 (MQ=255) cactttaaagttagcagaacctactagctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATaa > 1:1008957‑M2/41‑91 (MQ=255) cactttaaagttagcagaacctactagctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATaa > 1:3222312‑M2/41‑91 (MQ=255) ACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATaaa < 1:3488599‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTATGTATATACAAAAAc > 1:1001551‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTATGTATATACAAAAAc > 1:2022488‑M1/1‑91 (MQ=255) tttaaagttagcagaacctactagctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAAcc > 1:3025176‑M2/38‑91 (MQ=255) tttaaagttagcagaacctactagctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAAcc > 1:2111021‑M2/38‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |