| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 646656 = | 101 (1.030) | 11 (0.130) | 7/140 | NT | 11.9% | intergenic (+10/‑577) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 646692 = | 74 (0.860) | intergenic (+46/‑541) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase | |||||
GATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/646753‑646656‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGG > USA300TCH1516_ALE/646692‑646780 GATGTTCGATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGG < 1:2072561/91‑1GATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGG < 1:1285934/91‑1 ATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGG > 1:1864454/1‑91 ATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGG > 1:2932554/1‑91 TGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGC > 1:3650558/1‑91 GTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCT > 1:527811/1‑91 TTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTG < 1:1383890/91‑1 TTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTG < 1:1383959/91‑1 TCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGT < 1:3651635/91‑1 CAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTT < 1:3834788/91‑1 TAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATT > 1:474948/1‑91 ACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGA > 1:455455/1‑91 ACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGA > 1:455185/1‑91 ACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAAGATTTAAATTGA > 1:3765448/1‑91 CCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACAT > 1:358019/1‑91 CCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATC > 1:2231505/1‑91 CAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCAT > 1:285873/1‑91 AACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTA > 1:2237370/1‑91 AACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTA > 1:2237270/1‑91 ATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATT > 1:4068391/1‑91 ATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATT > 1:1174544/1‑91 GGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTCATGA > 1:518281/1‑91 GGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGAT < 1:2878529/91‑1 GGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATA < 1:4020255/91‑1 GGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATA < 1:648239/91‑1 GGCTGTTATTTTAGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATA > 1:3203644/1‑91 GCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATAT > 1:42271/1‑91 GCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATAT > 1:1096698/1‑91 GTTATTTTTGAAAGTGTCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATAGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGAT > 1:3537950/1‑91 GTTATTTTTGAAAGTCTCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATAGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGAT > 1:3537951/1‑91 GTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGAT > 1:4087939/1‑91 GTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGAT > 1:2954077/1‑91 GTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATCGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGAT > 1:3538098/1‑91 TTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATG > 1:2565793/1‑91 TATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGG < 1:2404459/91‑1 GATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/646753‑646656‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGG > USA300TCH1516_ALE/646692‑646780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |