| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 669086 = | 107 (1.090) | 7 (0.080) | 4/142 | NT | 7.8% | intergenic (+60/‑15) | adh/USA300TCH1516_00602 | Alcohol dehydrogenase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 669128 = | 71 (0.810) | coding (28/108 nt) | USA300TCH1516_00602 | hypothetical protein | |||||
GCTTCATATATGTAAGCCATTTTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/669180‑669086‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcgtgtttTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTGAACCTA > USA300TCH1516_ALE/669128‑669217 GCTTCATATATGTAAGCCATTTTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGT > 1:957744/1‑91GCTTCATATATGTAAGCCATTTTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGT > 1:1876807/1‑91 TTCATATATGTAAGCCATTTTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGT > 1:1311181/1‑91 TTCATATATGTAAGCCATTTTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGT < 1:2359863/91‑1 TTCATATATGTAAGCCATTTTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGT > 1:2103650/1‑91 TCATATATGTAAGCCATTTTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTT > 1:953757/1‑91 TCATATATGTAAGCCATTTTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTT > 1:4124188/1‑91 TCATATATGTAAGCCATTTTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTT > 1:4124176/1‑91 CATATATGTAAGCCATTTTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTTT > 1:3784336/1‑91 CATATATGTAAGCCATTCTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTTT < 1:3718004/91‑1 CACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTCTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAG > 1:3495322/1‑91 ACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGC > 1:2358156/1‑91 ACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGC > 1:3955746/1‑91 CGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCG > 1:2293666/1‑91 CGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTTTCTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCG > 1:1396583/1‑91 GAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGT > 1:2431181/1‑91 GAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGT > 1:2431938/1‑91 CTCGTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAAT < 1:2829579/91‑1 CTCGTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAAT < 1:3148531/91‑1 CGTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTG > 1:3191152/1‑91 CGTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTG > 1:1032265/1‑91 CGTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTG > 1:1690557/1‑91 GTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTGA > 1:936316/1‑91 TGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTGAA > 1:3649922/1‑91 TGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTGAA > 1:2447568/1‑91 TGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTGAA > 1:2178073/1‑91 GTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTGAAC < 1:3800333/91‑1 GTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTGAAC < 1:2464867/91‑1 TTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTGAACCTA < 1:3431354/91‑1 TTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTGAACCTA < 1:3034630/91‑1 GCTTCATATATGTAAGCCATTTTATAAAATACAAACAACACCTCAAAACCAAAAAACACGAGATTTTCACTATCTTTCATGAAAACCTCGTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/669180‑669086‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcgtgtttTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATGAAGCGTTGATTAAGTATGGAATTGTTAATTAATTGAACCTA > USA300TCH1516_ALE/669128‑669217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |