| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 715316 | 97 (0.990) | 13 (0.160) | 9/132 | NT | 13.5% | intergenic (+74/+43) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 715335 | 87 (1.070) | intergenic (+93/+24) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA | |||||
GAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/715216‑715316‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaacggacaagttGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGTTCTATAT < USA300TCH1516_ALE/715335‑715246 GAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAA > 1:3775272/1‑91GAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAA > 1:2121009/1‑91GAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAA > 1:2121255/1‑91 TTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGG > 1:3919329/1‑91 TATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGA < 1:576065/91‑1 TATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGA < 1:575914/91‑1 TATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGA < 1:3514553/91‑1 TATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGA < 1:2966539/91‑1 ATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGAC > 1:2341347/1‑91 ATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGAC > 1:3338738/1‑91 ATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGAC < 1:2130786/91‑1 ATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGAC < 1:2131841/91‑1 TATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACA < 1:1634303/91‑1 ATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAA > 1:2090196/1‑91 ATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAA < 1:2773009/91‑1 GGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGT > 1:2146425/1‑91 AATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTG < 1:1068944/91‑1 TATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGA < 1:927438/91‑1 TATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGA < 1:1211170/91‑1 ATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTATCTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAA < 1:3541612/91‑1 ATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAGCTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAA < 1:3541545/91‑1 ATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAA < 1:3985347/91‑1 CTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCC < 1:1684111/91‑1 TAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATT < 1:464561/91‑1 CGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAACATACTA‑AAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATT < 1:4141497/91‑1 GATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTT < 1:1927956/91‑1 GTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGT < 1:1143133/91‑1 GTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGT < 1:1143554/91‑1 TA‑AATATAAAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTT < 1:3931203/91‑1 AAAGCGGACAAGTTCCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATC < 1:3741965/91‑1 AAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCG < 1:2192674/91‑1 AACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTGATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGA < 1:1289453/91‑1 CGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATA > 1:794777/1‑91 GACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGT > 1:3390257/1‑91 GACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGT > 1:2011421/1‑91 AAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGTTCT > 1:839894/1‑91 AAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGTTCT < 1:85077/91‑1 AAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGTTCT > 1:2325615/1‑91 AGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGCTAGTTCTA > 1:552046/1‑91 TGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGTTCTATAT < 1:6564/91‑1 GAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/715216‑715316‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaacggacaagttGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGTTCTATAT < USA300TCH1516_ALE/715335‑715246 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |