| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 715316 | 97 (0.990) | 13 (0.160) | 9/132 | NT | 13.5% | intergenic (+74/+43) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 715335 | 87 (1.070) | intergenic (+93/+24) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA | |||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
AAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAG > USA300TCH1516_ALE/715228‑715406 | aaaGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTc < 1:908268/91‑1 (MQ=255) aGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGc > 1:1780019/1‑91 (MQ=255) gATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCa < 1:224996/91‑1 (MQ=255) aTGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAg > 1:2259332/1‑91 (MQ=255) aTGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAg > 1:201116/1‑91 (MQ=255) aTGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAg < 1:1381463/91‑1 (MQ=255) cTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCtt < 1:3053110/91‑1 (MQ=255) taaataaaTTATATAGAACTATCGATACTAAACGANAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCttt > 1:2471131/1‑91 (MQ=255) aataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtat < 1:2951818/91‑1 (MQ=255) aataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtat < 1:2952230/91‑1 (MQ=255) ataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtata < 1:1958098/91‑1 (MQ=255) aaatTATATCGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAt < 1:3723256/91‑1 (MQ=255) aatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctg < 1:1068944‑M1/91‑17 (MQ=255) atTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgt > 1:3926927/1‑91 (MQ=255) ttATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgtg > 1:1656352/1‑91 (MQ=255) ttATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgtg > 1:324834/1‑91 (MQ=255) tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcga < 1:1211170‑M1/91‑20 (MQ=255) tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcga < 1:927438‑M1/91‑20 (MQ=255) tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc < 1:11155/91‑1 (MQ=255) tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc < 1:2027816/91‑1 (MQ=255) tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc > 1:1377127/1‑91 (MQ=255) tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc < 1:3910818/91‑1 (MQ=255) atataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAGCTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaa < 1:3541545‑M1/91‑21 (MQ=255) atataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaa < 1:3985347‑M1/91‑21 (MQ=255) aGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaactt < 1:85077‑M2/91‑6 (MQ=255) aGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaactt > 1:839894‑M2/1‑86 (MQ=255) aCTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtc > 1:3390257‑M2/1‑83 (MQ=255) aCTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtc > 1:2011421‑M2/1‑83 (MQ=255) cTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaaacttgtcc < 1:1684111‑M1/91‑29 (MQ=255) tATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccg > 1:794777‑M2/1‑81 (MQ=255) tCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATC‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgtt < 1:1289453‑M2/91‑13 (MQ=255) cGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgttt < 1:2192674‑M2/91‑14 (MQ=255) gATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGGaacttgtccgcttt < 1:3741965‑M2/91‑15 (MQ=255) aTACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGttttt < 1:2363739/91‑1 (MQ=255) tACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTa < 1:3037648/91‑1 (MQ=255) tACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTa < 1:3037245/91‑1 (MQ=255) tACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTa < 1:1829891/91‑1 (MQ=255) aCTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAg < 1:1387806/91‑1 (MQ=255) tAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaaacttgtccgttttatatt < 1:464561‑M1/91‑39 (MQ=255) aaaCGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTAt < 1:2526504/91‑1 (MQ=255) aaCGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATg < 1:782412/91‑1 (MQ=255) aaCGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATg > 1:2367084/1‑91 (MQ=255) aaCGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATg > 1:3946746/1‑91 (MQ=255) aCGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGt < 1:197019/91‑1 (MQ=255) cGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAACATACTA‑AAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaaacttgtccgttttatatttatt < 1:4141497‑M1/91‑43 (MQ=255) gATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaaacttgtccgttttatatttattt < 1:1927956‑M1/91‑44 (MQ=255) gATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGttt > 1:3728484/1‑91 (MQ=255) gATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGttt > 1:3728602/1‑91 (MQ=255) aTAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGtttt > 1:2980840/1‑91 (MQ=255) aaaTTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAt < 1:2637763/91‑1 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtt > 1:2996587/1‑91 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtt > 1:2997775/1‑91 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGC‑TTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttt > 1:3512269/1‑91 (MQ=255) tAACTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttc < 1:847943/91‑1 (MQ=255) aaCTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttct < 1:684412/91‑1 (MQ=255) aCTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgttttatatttattttataataac < 1:1143554‑M2/91‑34 (MQ=255) aCTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCCTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctt > 1:3292633/1‑91 (MQ=255) cTTAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttcttt > 1:1307325/1‑91 (MQ=255) ttAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttt < 1:208748/91‑1 (MQ=255) tAGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttcttttt < 1:2126313/91‑1 (MQ=255) aGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttttc > 1:1987960/1‑91 (MQ=255) aGGTTATTATAAAATA‑AATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttttc > 1:1987825/1‑91 (MQ=255) 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ataaaata‑aaTATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaataaa > 1:2002063/1‑91 (MQ=255) ataaaata‑aaTATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaataaa < 1:1684934/91‑1 (MQ=255) aaata‑aatATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgttttatatttattttataataacctaagttaatttatc < 1:1927956‑M2/91‑49 (MQ=255) aaata‑aatATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACga < 1:3791673/91‑1 (MQ=255) aaata‑aatATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACga > 1:3261781/1‑91 (MQ=255) aaata‑aatATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACga < 1:436392/91‑1 (MQ=255) aata‑aataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgat < 1:2626225/91‑1 (MQ=255) ata‑aataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgatt > 1:1694226/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |