| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 715316 | 97 (0.990) | 13 (0.160) | 9/132 | NT | 13.5% | intergenic (+74/+43) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 715335 | 87 (1.070) | intergenic (+93/+24) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGG > USA300TCH1516_ALE/715245‑715425 | tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc < 1:11155/91‑1 (MQ=255)tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc < 1:2027816/91‑1 (MQ=255)tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc > 1:1377127/1‑91 (MQ=255)tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc < 1:3910818/91‑1 (MQ=255) atataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCa < 1:6564‑M2/91‑2 (MQ=255) taGAACTAGCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaact > 1:552046‑M2/1‑87 (MQ=255) aGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaactt > 1:839894‑M2/1‑86 (MQ=255) aGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaactt > 1:2325615‑M2/1‑86 (MQ=255) aCTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtc > 1:2011421‑M2/1‑83 (MQ=255) tATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccg > 1:794777‑M2/1‑81 (MQ=255) tCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATCAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgtt < 1:1289453‑M2/91‑13 (MQ=255) cGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgttt < 1:2192674‑M2/91‑14 (MQ=255) gATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGGaacttgtccgcttt < 1:3741965‑M2/91‑15 (MQ=255) aTACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGttttt < 1:2363739/91‑1 (MQ=255) 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gATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGttt > 1:3728602/1‑91 (MQ=255) gATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGttt > 1:3728484/1‑91 (MQ=255) aTAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGtttt > 1:2980840/1‑91 (MQ=255) aaaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAt < 1:2637763/91‑1 (MQ=255) aaaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAt > 1:3810561/1‑91 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtt > 1:2996587/1‑91 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtt > 1:2996588/1‑91 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtt > 1:2997775/1‑91 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGC‑TTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttt > 1:3512269/1‑91 (MQ=255) ttAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtttt < 1:2673838/91‑1 (MQ=255) tAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttc < 1:1892645/91‑1 (MQ=255) tAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttc < 1:3041621/91‑1 (MQ=255) tAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttc < 1:847943/91‑1 (MQ=255) aaCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttct < 1:2202370/91‑1 (MQ=255) aaCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttct < 1:684412/91‑1 (MQ=255) aCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgttttatatttattttataataac < 1:1143133‑M2/91‑34 (MQ=255) aCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgttttatatttattttataataac < 1:1143554‑M2/91‑34 (MQ=255) aCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCCTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctt > 1:3292566/1‑91 (MQ=255) aCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCCTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctt > 1:3292633/1‑91 (MQ=255) cTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttcttt > 1:1935005/1‑91 (MQ=255) cTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttcttt > 1:1307325/1‑91 (MQ=255) ttAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttt < 1:208748/91‑1 (MQ=255) tAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttcttttt < 1:2126313/91‑1 (MQ=255) aGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttttc > 1:1987986/1‑91 (MQ=255) aGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttttc > 1:1987825/1‑91 (MQ=255) aGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCATTTTTAGTATGTTTTAttttctttttc > 1:3513228/1‑91 (MQ=255) ggTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGTAGCTTTATAATGTACAACTTGTCCGTTATTAGTATGTTTTAttttctatttct > 1:3863459/1‑91 (MQ=255) ggTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttttct > 1:935621/1‑91 (MQ=255) gTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCta < 1:2171608/91‑1 (MQ=255) ttattaTAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaa < 1:1372041/91‑1 (MQ=255) tattatAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAGTGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaa < 1:3301626/91‑1 (MQ=255) tattatAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaa < 1:2613863/91‑1 (MQ=255) ttatAAATTAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTCTTCtaaata < 1:2084291/91‑1 (MQ=255) ttatAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaata > 1:134193/1‑91 (MQ=255) ataaaataaaTATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaataaa < 1:1684934/91‑1 (MQ=255) ataaaataaaTATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaataaa > 1:2002063/1‑91 (MQ=255) ataaaataaaTATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaataaa < 1:3998280/91‑1 (MQ=255) ataaaataaaTATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaataaa > 1:2002122/1‑91 (MQ=255) aaataaatATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACga < 1:436392/91‑1 (MQ=255) aaataaatATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACga > 1:3261781/1‑91 (MQ=255) aaataaatATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACga < 1:3791673/91‑1 (MQ=255) aataaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgtttttagtatgttttataataacctaagttaatttatcg < 1:4141497‑M2/91‑50 (MQ=255) aataaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgat < 1:2626225/91‑1 (MQ=255) taaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgattg < 1:785155/91‑1 (MQ=255) aataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgttttatatttattttataataacctaagttaatttatcgttta < 1:464561‑M2/91‑54 (MQ=255) aataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgattgat < 1:1217662/91‑1 (MQ=255) atatAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgattgatt > 1:2982828/1‑91 (MQ=255) atatAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgattgatt > 1:929166/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |