| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 729254 = | 85 (0.860) | 21 (0.250) | 9/136 | NT | 24.2% | intergenic (+55/‑96) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 729295 = | 59 (0.710) | intergenic (+96/‑55) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase | |||||
ATTCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/729355‑729254‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACTGC > USA300TCH1516_ALE/729295‑729384 ATTCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC > 1:663997/1‑91ATTCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC < 1:3255443/91‑1ATTCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC > 1:4088777/1‑91 CATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAA > 1:3050952/1‑91 ATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT < 1:2894538/91‑1 ATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT < 1:4038399/91‑1 ATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT < 1:4039691/91‑1 ATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT < 1:1908708/91‑1 gTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGACTAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGCGTAGAGACGAATT > 1:4152127/2‑91 gTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGACTAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATT > 1:4151508/2‑91 TTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATT < 1:2330252/91‑1 TACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTG < 1:814404/91‑1 CATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATGTTAATAGACTGAGTAAATATAGAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCT < 1:3312767/91‑1 CATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCT > 1:1664961/1‑91 CATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCT > 1:4032222/1‑91 CATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCT > 1:663280/1‑91 CATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCT < 1:725291/91‑1 ATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTT < 1:4214/91‑1 TCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTT > 1:2925482/1‑91 AAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACG > 1:1542775/1‑91 AAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACG > 1:1542106/1‑91 AAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACG > 1:1541882/1‑91 CAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTA > 1:2192669/1‑91 TTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATG > 1:1911327/1‑91 TTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATG > 1:337560/1‑91 TCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGA > 1:944066/1‑91 TCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGA > 1:2774995/1‑91 CGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAA > 1:579918/1‑91 CGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAA > 1:579377/1‑91 CGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAA > 1:535319/1‑91 GCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAT > 1:22822/1‑91 GCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAT > 1:1125342/1‑91 GCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAT > 1:1125328/1‑91 GCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAT > 1:3754128/1‑91 CCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATA > 1:820479/1‑91 CCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAA > 1:2564934/1‑91 CCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAA > 1:2564962/1‑91 CCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAA > 1:2948957/1‑91 CGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAA > 1:1311048/1‑91 CGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAA > 1:3059982/1‑91 CGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACG > 1:1061384/1‑91 CGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACG > 1:2154736/1‑91 AATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGAT < 1:2205126/91‑1 ATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATG > 1:1185887/1‑91 TTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGA < 1:2247505/91‑1 CTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAA < 1:2607170/91‑1 CTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAA < 1:2607686/91‑1 CTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAA < 1:2642690/91‑1 TTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAC < 1:1031172/91‑1 TTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAC > 1:1898981/1‑91 TTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAC < 1:4125142/91‑1 TTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAC > 1:2420065/1‑91 TTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAC < 1:325149/91‑1 TTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACTGC < 1:791445/91‑1 ATTCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/729355‑729254‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACTGC > USA300TCH1516_ALE/729295‑729384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |