| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 729254 = | 85 (0.860) | 21 (0.250) | 9/136 | NT | 24.2% | intergenic (+55/‑96) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 729295 = | 59 (0.710) | intergenic (+96/‑55) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase | |||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACTGCG > USA300TCH1516_ALE/729205‑729385 | tatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt < 1:98954/91‑1 (MQ=255)tatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt < 1:3662693/91‑1 (MQ=255)tatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt < 1:3003456/91‑1 (MQ=255) tGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTtat < 1:2885952/91‑1 (MQ=255) aGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTatat < 1:2967545/91‑1 (MQ=255) aGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTatat < 1:3680012/91‑1 (MQ=255) aGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTatat < 1:3434262/91‑1 (MQ=255) aGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTatat < 1:3433637/91‑1 (MQ=255) aGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTatat < 1:3433076/91‑1 (MQ=255) aGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTatat < 1:2969254/91‑1 (MQ=255) gggATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatt > 1:1462816/1‑91 (MQ=255) gggATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatt < 1:909592/91‑1 (MQ=255) ggATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtattt > 1:1221882/1‑91 (MQ=255) atatCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatttat < 1:2924600/91‑1 (MQ=255) atatCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatttat < 1:1254656/91‑1 (MQ=255) atatCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatttat > 1:328367/1‑91 (MQ=255) atCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTc < 1:55571/91‑1 (MQ=255) atCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTc < 1:2621509/91‑1 (MQ=255) atCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTc < 1:1098049/91‑1 (MQ=255) ccGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAg < 1:1963840/91‑1 (MQ=255) ccGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGGCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAg < 1:3597012/91‑1 (MQ=255) aaaCTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCt > 1:79421/1‑91 (MQ=255) aCTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTAt > 1:915471/1‑91 (MQ=255) cTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTAtt < 1:2840655/91‑1 (MQ=255) tACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCCACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAat < 1:3302706/91‑1 (MQ=255) aCAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAata > 1:1771268/1‑91 (MQ=255) aaTTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATg > 1:3897477/1‑91 (MQ=255) ttGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAg < 1:3440648/91‑1 (MQ=255) tGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGATTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGc > 1:3525043/1‑91 (MQ=255) gAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCg < 1:1717017/91‑1 (MQ=255) gAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCg < 1:3573910/91‑1 (MQ=255) cACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTa < 1:580210/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTaa > 1:409337/1‑91 (MQ=255) tttAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATag > 1:1447737/1‑91 (MQ=255) tttAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATag > 1:633957/1‑91 (MQ=255) tAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagag < 1:667530/91‑1 (MQ=255) aaCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagaga < 1:1272616/91‑1 (MQ=255) aaCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagaga < 1:1272815/91‑1 (MQ=255) aCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagagag > 1:2324497/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagagag > 1:414452/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGt > 1:462909/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGt < 1:2168343/91‑1 (MQ=255) cTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGt > 1:462857/1‑91 (MQ=255) aaaagcaattcgcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACg > 1:1542106‑M2/42‑91 (MQ=255) aaaagcaattcgcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACg > 1:1542775‑M2/42‑91 (MQ=255) AAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGa > 1:2925482‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGAt < 1:4214‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATg > 1:4032222‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATg < 1:725291‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTCTATATTTACTCAGTCTATTAACATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATg < 1:3312767‑M1/91‑1 (MQ=255) AATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTaa < 1:2330252‑M1/91‑1 (MQ=255) AATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTAGTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGtac > 1:4151508‑M1/1‑90 (MQ=255) ATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAAt < 1:4039691‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAAt < 1:4038399‑M1/91‑1 (MQ=255) ttcgcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATg > 1:1911327‑M2/34‑91 (MQ=255) ttcgcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATg > 1:337560‑M2/34‑91 (MQ=255) tcgcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGa > 1:2774995‑M2/33‑91 (MQ=255) tcgcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGa > 1:944066‑M2/33‑91 (MQ=255) cgcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGaa > 1:535319‑M2/32‑91 (MQ=255) cgcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGaa > 1:579918‑M2/32‑91 (MQ=255) gcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAt > 1:1125328‑M2/31‑91 (MQ=255) gcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAt > 1:3754128‑M2/31‑91 (MQ=255) gcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAt > 1:22822‑M2/31‑91 (MQ=255) gcccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAt > 1:1125342‑M2/31‑91 (MQ=255) GTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAt < 1:3255443‑M1/91‑1 (MQ=255) GTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAt > 1:663997‑M1/1‑91 (MQ=255) GTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAt > 1:4088777‑M1/1‑91 (MQ=255) tctcTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATa > 1:3151291/1‑91 (MQ=255) tctcTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATa < 1:2424147/91‑1 (MQ=255) cccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATa > 1:820479‑M2/30‑91 (MQ=255) ctctACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATaa > 1:2625855/1‑91 (MQ=255) ccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATaa > 1:2564934‑M2/29‑91 (MQ=255) ccgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATaa > 1:2564962‑M2/29‑91 (MQ=255) cgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATaaa > 1:3059982‑M2/28‑91 (MQ=255) cgataagagtagagacgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATaaa > 1:1311048‑M2/28‑91 (MQ=255) tctTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAACATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGataa < 1:4140270/91‑1 (MQ=255) cGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATg < 1:2740637/91‑1 (MQ=255) cGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATg < 1:2740211/91‑1 (MQ=255) cGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATg < 1:3061338/91‑1 (MQ=255) cGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGGCTAACAAATAGAGAGGTACGAAGTAATGAATAAAGATAATAAATg < 1:2741632/91‑1 (MQ=255) gggCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATgg > 1:2003562/1‑91 (MQ=255) ggCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGa < 1:380332/91‑1 (MQ=255) ggCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGa > 1:2451946/1‑91 (MQ=255) ggCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGa > 1:2517193/1‑91 (MQ=255) gCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGAc > 1:2840513/1‑91 (MQ=255) gCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGAc > 1:2837809/1‑91 (MQ=255) cgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACg > 1:1061384‑M2/13‑91 (MQ=255) cgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACg > 1:2154736‑M2/13‑91 (MQ=255) aattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACgat < 1:2205126‑M2/81‑1 (MQ=255) attgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACgatg > 1:1185887‑M2/10‑91 (MQ=255) ttgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACgatga < 1:2247505‑M2/83‑1 (MQ=255) cttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATaa < 1:2607170‑M2/86‑1 (MQ=255) cttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATaa < 1:2607686‑M2/86‑1 (MQ=255) cttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATaa < 1:2642690‑M2/86‑1 (MQ=255) ttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAc > 1:2420065‑M2/5‑91 (MQ=255) ttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAc < 1:1031172‑M2/87‑1 (MQ=255) ttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAc > 1:1898981‑M2/5‑91 (MQ=255) ttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAc < 1:325149‑M2/87‑1 (MQ=255) tTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACTGc < 1:791445‑M2/90‑1 (MQ=255) tataTTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACTgcg < 1:1467820/91‑1 (MQ=255) | TATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACTGCG > USA300TCH1516_ALE/729205‑729385 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |