| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 729254 = | 85 (0.860) | 21 (0.250) | 9/136 | NT | 24.2% | intergenic (+55/‑96) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 729295 = | 59 (0.710) | intergenic (+96/‑55) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase | |||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
AAACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTAC > USA300TCH1516_ALE/729164‑729343 | gcagttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataa < 1:791445‑M1/1‑1 (MQ=255)aaaCGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTa < 1:108685/91‑1 (MQ=255)aaaCGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTa > 1:2490872/1‑91 (MQ=255) aaCGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTaa > 1:1847963/1‑91 (MQ=255) aaCGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTaa > 1:1345825/1‑91 (MQ=255) gttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataaaaa < 1:1031172‑M1/4‑1 (MQ=255) gttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataaaaa < 1:325149‑M1/4‑1 (MQ=255) cGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTaaaa < 1:1874691/91‑1 (MQ=255) ttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAg < 1:2642690‑M1/5‑1 (MQ=255) ttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAg < 1:2607170‑M1/5‑1 (MQ=255) ttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAg < 1:2607686‑M1/5‑1 (MQ=255) tcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCaa < 1:2247505‑M1/8‑1 (MQ=255) aaaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCaa > 1:1232672/1‑91 (MQ=255) aaaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCaa < 1:4034940/91‑1 (MQ=255) aaaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCaa > 1:2414138/1‑91 (MQ=255) catcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAAt > 1:1185887‑M1/83‑91 (MQ=255) aaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAt < 1:3468582/91‑1 (MQ=255) atcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAAtt < 1:2205126‑M1/10‑1 (MQ=255) aaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAtt > 1:1384278/1‑91 (MQ=255) aTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTc > 1:2437268/1‑91 (MQ=255) cgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCg > 1:2154736‑M1/80‑91 (MQ=255) cgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCg > 1:1061384‑M1/80‑91 (MQ=255) cGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGtc < 1:2457061/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTctct < 1:118125/91‑1 (MQ=255) tAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTa < 1:4093985/91‑1 (MQ=255) aaaaaCATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTAct > 1:2906234/1‑91 (MQ=255) aaaaaCATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTAct < 1:864926/91‑1 (MQ=255) aCATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTa < 1:1684579/91‑1 (MQ=255) aCATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTa < 1:670586/91‑1 (MQ=255) atatTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATc > 1:1168297/1‑91 (MQ=255) tttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCg > 1:1311048‑M1/65‑91 (MQ=255) ttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCgg > 1:2948957‑M1/64‑91 (MQ=255) ttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCgg > 1:2564934‑M1/64‑91 (MQ=255) ttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCgg > 1:2564962‑M1/64‑91 (MQ=255) atTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCgg > 1:3409786/1‑91 (MQ=255) tGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGc > 1:3031728/1‑91 (MQ=255) attcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGc > 1:1125342‑M1/62‑91 (MQ=255) attcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGc > 1:22822‑M1/62‑91 (MQ=255) attcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGc > 1:1125328‑M1/62‑91 (MQ=255) attcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGc > 1:3754128‑M1/62‑91 (MQ=255) ttcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCg > 1:535319‑M1/61‑91 (MQ=255) ttcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCg > 1:579377‑M1/61‑91 (MQ=255) tcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGa > 1:944066‑M1/60‑91 (MQ=255) cattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGaa > 1:337560‑M1/59‑91 (MQ=255) cattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGaa > 1:1911327‑M1/59‑91 (MQ=255) tAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAAt > 1:589787/1‑91 (MQ=255) tacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTg > 1:2192669‑M1/56‑91 (MQ=255) atatCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTATTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTg > 1:3285335/1‑91 (MQ=255) tCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtt < 1:1863598/91‑1 (MQ=255) tCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtt < 1:3069772/91‑1 (MQ=255) cgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtttt > 1:1541882‑M1/51‑91 (MQ=255) cgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtttt > 1:1542106‑M1/51‑91 (MQ=255) cgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtttt > 1:1542775‑M1/51‑91 (MQ=255) atatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtttt < 1:4047664/91‑1 (MQ=255) atatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtttt < 1:3654915/91‑1 (MQ=255) atatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtttt < 1:3648832/91‑1 (MQ=255) tatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt < 1:98954/91‑1 (MQ=255) tatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt < 1:1103347/91‑1 (MQ=255) tatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt < 1:3003456/91‑1 (MQ=255) aGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTatat < 1:2969254/91‑1 (MQ=255) aGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTatat < 1:3433076/91‑1 (MQ=255) aGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTatat < 1:3434121/91‑1 (MQ=255) aGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTatat < 1:3434262/91‑1 (MQ=255) aGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTatat < 1:3680012/91‑1 (MQ=255) gggATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatt < 1:909592/91‑1 (MQ=255) ggATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtattt > 1:1221882/1‑91 (MQ=255) atatCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatttat > 1:328367/1‑91 (MQ=255) atatCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatttat < 1:1254656/91‑1 (MQ=255) atatCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatttat < 1:2924600/91‑1 (MQ=255) atCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTc < 1:55571/91‑1 (MQ=255) tCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCa < 1:3783127/91‑1 (MQ=255) ccGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAg < 1:1963840/91‑1 (MQ=255) gAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTc < 1:2656157/91‑1 (MQ=255) aaaCTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCt > 1:79421/1‑91 (MQ=255) aCTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTAt > 1:915471/1‑91 (MQ=255) cTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTAtt < 1:3197047/91‑1 (MQ=255) cTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTAtt < 1:2839792/91‑1 (MQ=255) cTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTAtt < 1:2840655/91‑1 (MQ=255) tACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCCACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAat < 1:3302706/91‑1 (MQ=255) aCAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAata > 1:2743252/1‑91 (MQ=255) aCAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAata > 1:408141/1‑91 (MQ=255) aCAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAata > 1:2461464/1‑91 (MQ=255) aCAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAata > 1:1771268/1‑91 (MQ=255) aaTTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATg > 1:3897477/1‑91 (MQ=255) ttGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAg < 1:3440648/91‑1 (MQ=255) tGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGATTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGc > 1:3525043/1‑91 (MQ=255) gAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCg < 1:3573910/91‑1 (MQ=255) gAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCg < 1:1717017/91‑1 (MQ=255) cACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTa > 1:3649951/1‑91 (MQ=255) cACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTa < 1:580210/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTaa > 1:409337/1‑91 (MQ=255) tttAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATag > 1:1447737/1‑91 (MQ=255) tttAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATag > 1:633957/1‑91 (MQ=255) aaCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagaga < 1:1272815/91‑1 (MQ=255) aaCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagaga < 1:1272616/91‑1 (MQ=255) aCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagagag > 1:2324497/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagagag > 1:414452/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGt > 1:462909/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGt > 1:462857/1‑91 (MQ=255) tAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTAc > 1:2612281/1‑91 (MQ=255) | AAACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTAC > USA300TCH1516_ALE/729164‑729343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |