| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 782414 = | 111 (1.130) | 8 (0.090) | 5/140 | NT | 7.9% | intergenic (‑209/+133) | USA300HOU_RS03820/USA300HOU_RS03825 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 782453 = | 90 (1.050) | intergenic (‑248/+94) | USA300HOU_RS03820/USA300HOU_RS03825 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
TATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/782511‑782414‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaaatcatacGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAG > USA300TCH1516_ALE/782453‑782539 TATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAA > 1:696494/1‑91 TTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAAT > 1:1057485/1‑91 TTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAAT > 1:1692146/1‑91 TTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAAT < 1:2622873/91‑1 ATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC < 1:1274360/91‑1 ATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC < 1:1003863/91‑1 ATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC > 1:2240200/1‑91 ATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAA > 1:1799691/1‑91 ATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAA > 1:1915353/1‑91 TTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATA > 1:3039243/1‑91 TCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAG > 1:2575757/1‑91 TCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAG > 1:3084901/1‑91 TCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGAAATAG > 1:2594551/1‑91 ACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTA > 1:2707910/1‑91 GCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGT > 1:280474/1‑91 GAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTA > 1:3656278/1‑91 AAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAA < 1:2208364/91‑1 AAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAA < 1:2207423/91‑1 AAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAA < 1:2207737/91‑1 AAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAA < 1:2788223/91‑1 AAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAA < 1:1532829/91‑1 AATCATATGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAAC < 1:2077805/91‑1 AATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAAC > 1:3305161/1‑91 AATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAAC > 1:3305188/1‑91 ATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACT < 1:960570/91‑1 ATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACT > 1:1653442/1‑91 ATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTGAACT > 1:3456975/1‑91 ATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTCAACT > 1:3451381/1‑91 TCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTC < 1:1830017/91‑1 CATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCA < 1:405646/91‑1 ATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAG > 1:165053/1‑91 TATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/782511‑782414‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaaatcatacGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAG > USA300TCH1516_ALE/782453‑782539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |