New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 782414 = | 111 (1.130) | 8 (0.090) | 5/140 | NT | 7.9% | intergenic (‑209/+133) | USA300HOU_RS03820/USA300HOU_RS03825 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 782453 = | 90 (1.050) | intergenic (‑248/+94) | USA300HOU_RS03820/USA300HOU_RS03825 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAG > USA300TCH1516_ALE/782363‑782539 | ctctGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACg > 1:899824/1‑91 (MQ=255) ctctGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACg < 1:492779/91‑1 (MQ=255) ctctGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACg > 1:2956181/1‑91 (MQ=255) ctGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCt > 1:2770467/1‑91 (MQ=255) ctGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCt > 1:2770597/1‑91 (MQ=255) tGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCtt > 1:818288/1‑91 (MQ=255) cAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTc > 1:3989738/1‑91 (MQ=255) aTCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACCAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCa > 1:3399997/1‑91 (MQ=255) tCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCAt > 1:693254/1‑91 (MQ=255) tCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCAt > 1:1659638/1‑91 (MQ=255) cTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCAtt > 1:3247263/1‑91 (MQ=255) cTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCAtt > 1:423879/1‑91 (MQ=255) cTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCAtt > 1:423296/1‑91 (MQ=255) tATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGa < 1:2869634/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |