| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 811544 = | 116 (1.180) | 9 (0.100) | 7/144 | NT | 8.6% | intergenic (+386/‑280) | nrdF/fecD_1 | Ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit beta/Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 811563 = | 88 (0.990) | intergenic (+405/‑261) | nrdF/fecD_1 | Ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit beta/Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecD | |||||
ATAAAAACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/811638‑811544‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actcatgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCCACTA > USA300TCH1516_ALE/811563‑811649 ATAAAAACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTC < 1:1182530/91‑1ATAAAAACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTC < 1:845657/91‑1 TAAAAACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCA > 1:3096353/1‑91 TAAAAACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCA > 1:3340842/1‑91 TAAAAACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCA > 1:2643358/1‑91 AAAAACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCAT > 1:2769120/1‑91 AAAAACTACTAATGATTGATTAAGCAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGCAAAACTCAT > 1:3975652/1‑91 AAAACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATG > 1:1705202/1‑91 AAAACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATG > 1:1025305/1‑91 AAAACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATG > 1:1081356/1‑91 AACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTTTTACTCATGTA < 1:3565471/91‑1 CTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTTTTACTCATGTATTCCT < 1:2597223/91‑1 AACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGTGGCT < 1:1505436/91‑1 AATGTGTATTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAATACACATTAGCTGTGTTTAATGA‑TAAAGAACCAC > 1:256540/1‑91 TAGGAATACATGAGTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGTGGCTAATGTGT‑AAGAACCACTACATAATAAATCATT > 1:2561880/1‑91 ACATGAGTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTT > 1:1530832/1‑91 ATGAGTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTT > 1:912482/1‑91 GAGTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTAT > 1:918719/1‑91 GAGTAAAACTCATGTATTCATATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTAT > 1:2790983/1‑91 AGTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATC > 1:4055968/1‑91 GTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCA > 1:2964329/1‑91 GTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCA > 1:2835942/1‑91 GTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCA > 1:3371220/1‑91 GTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCA > 1:350171/1‑91 TAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCAT > 1:2421573/1‑91 ACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCC > 1:3548638/1‑91 ACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCC > 1:2137823/1‑91 ACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑C‑AAGAACCACTACCTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCC > 1:3315397/1‑91 ACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGACGCTAATGT‑C‑AAGAACCACTACCTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCC > 1:3315079/1‑91 CATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCCACT < 1:332956/91‑1 CATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCCACT < 1:1206502/91‑1 ATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCCACTA < 1:2002236/91‑1 ATAAAAACTACTAATGATTGATTAAGTAGTGGTTCTTAACATTAGCCTCAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/811638‑811544‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actcatgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑T‑AAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCCACTA > USA300TCH1516_ALE/811563‑811649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |