| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 811544 = | 116 (1.180) | 9 (0.100) | 7/144 | NT | 8.6% | intergenic (+386/‑280) | nrdF/fecD_1 | Ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit beta/Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 811563 = | 88 (0.990) | intergenic (+405/‑261) | nrdF/fecD_1 | Ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit beta/Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecD | |||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
AGGCGGAAAGTCAGCTAACAATATTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGTTAAGAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTT > USA300TCH1516_ALE/811456‑811633 | tagtggaaatgataaaaactactaatgattgattaagtagtggttcttaacattagcctcagctaatgtgtacttaaaaataggaatACAt < 1:2002236‑M1/4‑1 (MQ=255) gCGGAAAGTCAGCTAACAATATTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATg < 1:989576/91‑1 (MQ=255) agtggaaatgataaaaactactaatgattgattaagtagtggttcttaacattagcctcagctaatgtgtacttaaaaataggaatACATg < 1:332956‑M1/5‑1 (MQ=255) cGGAAAGTCAGCTAACAATATTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGa > 1:733869/1‑91 (MQ=255) cGGAAAGTCAGCTAACAATATTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGa > 1:1239093/1‑91 (MQ=255) ggAAAGTCAGCTAACAATATTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAg < 1:3465881/91‑1 (MQ=255) 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tatTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTcc < 1:3685904/91‑1 (MQ=255) aatgatttattatgtagtggttcttacacattagccacagctaatgtgtacttaaaaataggaatACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTa > 1:2561880‑M1/66‑91 (MQ=255) tgtgCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCtct > 1:1351000/1‑89 (MQ=255) tgtgCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTAt > 1:1351261/1‑91 (MQ=255) gtgCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTAtt > 1:1623579/1‑91 (MQ=255) gtgCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTAtt < 1:3884611/91‑1 (MQ=255) tgCAAGTGCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTAttt < 1:2783927/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTAtttt < 1:3162966/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |