| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 811544 = | 116 (1.180) | 9 (0.100) | 7/144 | NT | 8.6% | intergenic (+386/‑280) | nrdF/fecD_1 | Ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit beta/Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 811563 = | 88 (0.990) | intergenic (+405/‑261) | nrdF/fecD_1 | Ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit beta/Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecD | |||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
ACAATATTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCCACTA > USA300TCH1516_ALE/811473‑811649 | atcactaatgatttattatgtagtggttctttgtcattagccacagctattgtgtacttaaaaataggaatgcatgagtgcaactcatgca > 1:10408‑M1/91‑91 (MQ=255)atcactaatgatttattatgtagtggttctttgtcattagccacagctattgtgtacttaaaaataggaatgcatgagtgcaactcatgca > 1:2799492‑M1/91‑91 (MQ=255)aactactaatgattgattaagtagtggttcttaacattagcctcagctaatgtgtacttaaaaataggaatacatgagttttactcatgta < 1:3565471‑M2/1‑1 (MQ=255) aaTATTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTAtt > 1:2908579/1‑91 (MQ=255) aaTATTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTAtt < 1:181923/91‑1 (MQ=255) aaTATTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTAtt < 1:1939151/91‑1 (MQ=255) aaTATTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTAtt > 1:2906007/1‑91 (MQ=255) atatTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTc < 1:1699560/91‑1 (MQ=255) tatTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTcc < 1:3685904/91‑1 (MQ=255) tatTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTcc > 1:755692/1‑91 (MQ=255) tatTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTcc < 1:1789460/91‑1 (MQ=255) ctaatgattgattaagtagtggttcttaacattagcctcagctaatgtgtacttaaaaataggaatacatgagttttactcatgtATTCCt < 1:2597223‑M2/6‑1 (MQ=255) tgtgCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCtct > 1:1351000/1‑89 (MQ=255) gtgCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTAtt < 1:3884611/91‑1 (MQ=255) gtgCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTAtt > 1:1651775/1‑91 (MQ=255) tgCAAGTGCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTAttt < 1:2783927/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTAtttt < 1:3162966/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTAtttt > 1:343165/1‑91 (MQ=255) cAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTAttttt > 1:919830/1‑91 (MQ=255) gTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAg < 1:2718800/91‑1 (MQ=255) gTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAg > 1:1414368/1‑91 (MQ=255) cgggcgggGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTac > 1:735288/1‑91 (MQ=255) cgggcgggGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTac < 1:450268/91‑1 (MQ=255) ggcgggGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTacac < 1:3026725/91‑1 (MQ=255) cgggGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACAt < 1:440647/91‑1 (MQ=255) gtggttctttatcattaaacacagctaatgtgtatttaaaaataggaatACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAATACACAtt > 1:256540‑M1/50‑91 (MQ=255) gCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGc < 1:810790/91‑1 (MQ=255) ccccAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCt < 1:1445560/91‑1 (MQ=255) ccAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGcctc < 1:859280/91‑4 (MQ=255) cAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAg > 1:3840743/1‑91 (MQ=255) cAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAg < 1:4117352/91‑1 (MQ=255) cAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAg < 1:1119202/91‑1 (MQ=255) aaCATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAgg < 1:1121914/91‑1 (MQ=255) aaCATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAgg < 1:895541/91‑1 (MQ=255) aCATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGc < 1:2819852/91‑1 (MQ=255) aCATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGc > 1:232074/1‑91 (MQ=255) aCATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGc > 1:2452011/1‑91 (MQ=255) aCATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGc < 1:3294721/91‑1 (MQ=255) aCATAAAGAAAAACTATTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGCATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGc > 1:3532150/1‑91 (MQ=255) aacattagccacagctaatgtgtacttaaaaataggaatgcatgagttttactcatgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGTGGCt < 1:1505436‑M2/33‑1 (MQ=255) aTAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTa > 1:1434228/1‑91 (MQ=255) aaaggAAAAAGTTTTT‑CTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAAt > 1:2257368/5‑91 (MQ=21) aaaGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAAt < 1:376305/91‑1 (MQ=255) aGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGt < 1:3522649/91‑1 (MQ=255) aGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGt < 1:2365369/91‑1 (MQ=255) aGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGt > 1:2171545/1‑91 (MQ=255) gAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGt‑t > 1:1556907/1‑91 (MQ=255) gAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGt‑t > 1:146657/1‑91 (MQ=255) agccacagctaatgtgtacttaaaaataggaatACATGAGTAAAACTCATGCATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGTGGCTAATGt‑t < 1:1505436‑M1/58‑1 (MQ=255) cTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAAc > 1:3788964/1‑91 (MQ=255) cTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAAc > 1:2972953/1‑91 (MQ=255) cTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAAc > 1:2973358/1‑91 (MQ=255) tttttCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAAcc < 1:202060/91‑1 (MQ=255) ttttCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCa < 1:4021230/91‑1 (MQ=255) 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gtacttaaaaataggaatgcatgagtgcaactcatgcATTCCTATTTTTAAGTACACAATAGCTGTGGCTAATGA‑CAAAGAAccactacat > 1:1584932‑M1/38‑89 (MQ=255) agagATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTaat < 1:3739088/91‑1 (MQ=255) aGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTaat < 1:3071175/91‑1 (MQ=255) gAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTaatc < 1:3796926/91‑1 (MQ=255) tATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAatcaatca > 1:2089715/1‑91 (MQ=255) aTCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCAt > 1:2943563/1‑91 (MQ=255) taggaatacatgagtaaaactcatgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGTGGCTAATGTGTAA‑GAACCACTACATAATAAATCAtt > 1:2561880‑M2/27‑91 (MQ=255) cACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATta > 1:3265472/1‑91 (MQ=255) cACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATta < 1:3039556/91‑1 (MQ=255) aggaatACATGAGTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATtag < 1:2597223‑M1/85‑1 (MQ=255) cTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATtagt < 1:1546747/91‑1 (MQ=255) cTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATtagt < 1:1546760/91‑1 (MQ=255) tCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATtagtag > 1:514577/1‑91 (MQ=255) tCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATtagtag > 1:2263557/1‑91 (MQ=255) tCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATtagtag > 1:2609317/1‑91 (MQ=255) tACATGAGTAAAACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGtt < 1:3565471‑M1/90‑1 (MQ=255) 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gagtaaaactcatgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTAt > 1:918719‑M2/16‑91 (MQ=255) gagtaaaactcatgtATTCATATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTAt > 1:2790983‑M2/16‑91 (MQ=255) GAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTAt < 1:1182530‑M1/91‑1 (MQ=255) GAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTAt < 1:845657‑M1/91‑1 (MQ=255) agtaaaactcatgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATc > 1:4055968‑M2/15‑91 (MQ=255) gtaaaactcatgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCa > 1:2835942‑M2/14‑91 (MQ=255) gtaaaactcatgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCa > 1:3371220‑M2/14‑91 (MQ=255) tACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTc > 1:321211/1‑91 (MQ=255) tACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTc < 1:2604679/91‑1 (MQ=255) actcatgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTcc > 1:2137823‑M2/9‑91 (MQ=255) actcatgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGACGCTAATGT‑CAA‑GAACCACTACCTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTcc > 1:3315079‑M2/9‑91 (MQ=255) catgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCCACt < 1:332956‑M2/86‑1 (MQ=255) catgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCCACt < 1:1206502‑M2/86‑1 (MQ=255) atgtATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCCACTa < 1:2002236‑M2/87‑1 (MQ=255) | ACAATATTGTGCAAGTTCGGGCGGGGCCCCAACATAAAGAAAAACTTTTTCCTTTAGAAATTATCACTTCCACATGAGTTTTACTCATGTATTCCTATTTTTAAGTACACATTAGCTGAGGCTAATGT‑TAA‑GAACCACTACTTAATCAATCATTAGTAGTTTTTATCATTTCCACTA > USA300TCH1516_ALE/811473‑811649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |