| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 842851 = | 106 (1.080) | 5 (0.060) | 5/140 | NT | 5.2% | intergenic (+237/‑425) | uvrA/hprK | UvrABC system protein A/HPr kinase/phosphorylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 891965 = | 90 (1.050) | intergenic (+383/‑356) | USA300HOU_RS04385/rnmV_2 | hypothetical protein/Ribonuclease M5 | |||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
GTGGGACAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCATTGTTTGT > USA300TCH1516_ALE/842761‑842941 | gTGGGACAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGaa > 1:2822030/1‑91 (MQ=255) tGGGACAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAAt > 1:1778526/1‑91 (MQ=255) tGGGACAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAAt > 1:324396/1‑91 (MQ=255) tGGGACAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAAt < 1:353375/91‑1 (MQ=255) agctgatggtaagtcagcttacaataatgtgcaagttggcggggccccaacataaagaaatactttttctttagaaattagtatttcttAt > 1:2024445‑M1/90‑91 (MQ=255) agctgatggtaagtcagcttacaataatgtgcaagttggcggggccccaacataaagaaatactttttctttagaaattagtatttcttAt < 1:2089053‑M1/2‑1 (MQ=255) agctgatggaaagtcagcttacaataatgtgcaagttggcggggccccaacataaagaaatactttttctttagaaataagtagttcgtAt < 1:2088710‑M1/2‑1 (MQ=255) gggACAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATg < 1:3021907/91‑1 (MQ=255) gACAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCa > 1:1477748/1‑91 (MQ=255) gACAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCa < 1:885222/91‑1 (MQ=255) cAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATg > 1:1248229/1‑91 (MQ=255) cAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATg < 1:1061777/91‑1 (MQ=255) cAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGATATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATg > 1:3329614/1‑91 (MQ=255) gtaagtcagcttacaataatgtgcaagttggcggggccccaacataaagaaatactttttctttagaaattagtatttcttATGCATGAGt < 1:2426408‑M1/10‑1 (MQ=255) gtaagtcagcttacaataatgtgcaagttggcggggccccaacataaagaaatactttttctttagaaattagtatttcttATGCATGAGt > 1:1160781‑M1/82‑91 (MQ=255) aaaTGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGt < 1:1707645/91‑1 (MQ=255) aaTGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑g < 1:1715621/91‑1 (MQ=255) aTGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGttg < 1:1603067/91‑3 (MQ=255) aTGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGttg < 1:2987232/91‑3 (MQ=255) aTGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑Gc < 1:1816033/91‑1 (MQ=255) aTGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑Gc < 1:2204023/91‑1 (MQ=255) tGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGttgc < 1:486694/91‑4 (MQ=255) gtcagcttacaataatgtgcaagttggcggggccccaacataaagaaatactttttctttagaaattagtatttcttATGCAtgagtaaaa > 1:1005495‑M1/78‑87 (MQ=255) gATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCaa > 1:1655204/1‑91 (MQ=255) gATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCaa > 1:1655505/1‑91 (MQ=255) gATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCaa > 1:3609796/1‑91 (MQ=255) aTAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAAc > 1:305396/1‑91 (MQ=255) aTAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAAc > 1:2057796/1‑91 (MQ=255) tAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACt < 1:2728103/91‑1 (MQ=255) aaaGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTc > 1:617882/1‑91 (MQ=255) aaTCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGc < 1:1535074/91‑1 (MQ=255) aTCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCa > 1:2799492‑M2/1‑90 (MQ=255) aTCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCa > 1:3369166‑M2/1‑90 (MQ=255) aTCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCa > 1:10408‑M2/1‑90 (MQ=255) cACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATa > 1:3554002/1‑91 (MQ=255) aCTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATaa < 1:1005471/91‑1 (MQ=255) tAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGa > 1:2877979/1‑91 (MQ=255) aTGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGaaa < 1:2283567/91‑1 (MQ=255) gATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATa < 1:2921500/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATAc < 1:378895/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATAc < 1:2269947/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATAc < 1:113391/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATAc < 1:378992/91‑1 (MQ=255) tttATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACt < 1:3472320/91‑1 (MQ=255) ttattaTGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTa < 1:2047634/91‑1 (MQ=255) attatGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAAt > 1:3712370/1‑91 (MQ=255) attatGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAAt > 1:3624096/1‑91 (MQ=255) attatGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAAt > 1:3181657/1‑91 (MQ=255) tatGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAAttt > 1:1211674/1‑91 (MQ=255) gTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTa > 1:3083517/1‑91 (MQ=255) gTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCTACTCATGCattcctatttttaagtttacaatagc < 1:1083618‑M2/91‑27 (MQ=255) gTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGaaa < 1:1042539/91‑1 (MQ=255) tCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGaaaaa > 1:3610250/1‑91 (MQ=255) tCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGaaaaa < 1:908858/91‑1 (MQ=255) tCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGaaaaa > 1:2963944/1‑91 (MQ=255) tCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAAAAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGaaaaa > 1:3303222/1‑91 (MQ=255) cTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAg < 1:3097088/91‑1 (MQ=255) cTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAg < 1:3188184/91‑1 (MQ=255) tGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTAt > 1:1440637/1‑91 (MQ=255) tGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTAt > 1:3362998/1‑91 (MQ=255) cATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTc > 1:786407/1‑91 (MQ=255) cATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTc > 1:786434/1‑91 (MQ=255) aTTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCt < 1:1456182/91‑1 (MQ=255) aTTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCt > 1:706332/1‑91 (MQ=255) aTTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCt > 1:856700/1‑91 (MQ=255) aTTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCt > 1:856699/1‑91 (MQ=255) tAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCttt > 1:1480287/1‑91 (MQ=255) aGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTa > 1:2603914/1‑91 (MQ=255) gCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAATACTTTTTCTTTag < 1:1878509/91‑2 (MQ=17) gCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTAt < 1:3238692/91‑1 (MQ=255) tactttttctttagaaattagtatttcttATGCATGAGTTGCA‑CTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATg < 1:3176969‑M1/62‑1 (MQ=255) ccACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCTTGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATGCTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATg < 1:3684815/91‑1 (MQ=255) cacaGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGt > 1:134231/1‑91 (MQ=255) cacaGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGt > 1:3469779/1‑91 (MQ=255) cacaGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGt < 1:2917976/91‑1 (MQ=255) acaGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGtt < 1:1081267/91‑1 (MQ=255) caGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTg < 1:1689749/91‑1 (MQ=255) gCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTggg > 1:366027/1‑91 (MQ=255) 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tACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCa < 1:316108/91‑1 (MQ=255) cTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAAc < 1:2934175/91‑1 (MQ=255) ttAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACt > 1:3135326/1‑91 (MQ=255) tAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACtt > 1:406286/1‑91 (MQ=255) gtatttcttATGCATGAGTTGCA‑CTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGc < 1:2655708‑M1/82‑1 (MQ=255) aaaaTAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGc > 1:121565/1‑91 (MQ=255) aaaaTAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGc > 1:121420/1‑91 (MQ=255) aaaTAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATTCTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCa < 1:3740708/91‑1 (MQ=255) aaaTAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCa < 1:3183963/91‑1 (MQ=255) aaTAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCAt < 1:1253057/91‑1 (MQ=255) tAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCAttg > 1:1978616/1‑91 (MQ=255) ggAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGCTGGGGCCCCGCCAACTTGCAttgtt > 1:1873065/1‑91 (MQ=255) aaTGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCAttgtttg < 1:1850346/91‑1 (MQ=255) aaTGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCAttgtttg < 1:3574749/91‑1 (MQ=255) | GTGGGACAGAAATGATAAAGAATCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTTGTCATTAGCCACAGCTATTGTGTACTTAAAAATAGGAATGCATGAGT‑GCAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTAAAGAAAAAGTATTTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCATTGTTTGT > USA300TCH1516_ALE/842761‑842941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |