| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 858374 = | 91 (0.930) | 7 (0.080) | 5/146 | NT | 8.1% | intergenic (+69/‑70) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 858405 = | 75 (0.840) | intergenic (+100/‑39) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase | |||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CTTAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTAAAAAAATTGTTTCT > USA300TCH1516_ALE/858284‑858464 | cTTAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGt > 1:2262515/1‑91 (MQ=255)cTTAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGt > 1:1619345/1‑91 (MQ=255) ttAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTa < 1:2184135/91‑1 (MQ=255) tAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTaa < 1:3809404/91‑1 (MQ=255) ggactgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTaa < 1:2554659‑M1/3‑1 (MQ=255) ggactgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTaa < 1:2738115‑M1/3‑1 (MQ=255) gCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGc < 1:2895261/91‑1 (MQ=255) gCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGc > 1:3778462/1‑91 (MQ=255) tgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCgg < 1:2107136‑M1/7‑1 (MQ=255) gAACTTTCTAAATAATTTTAGTAGAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTACTTAAAGCTTATGAGTAAGCggg < 1:704004/91‑1 (MQ=255) aaCTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCgggg < 1:1270749/91‑1 (MQ=255) aaCTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAACACGCTAGTCCTCAGAACTATTCATCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCgggg > 1:3316663/1‑91 (MQ=255) aaCTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAACACGCTAGTCCTCAGAACTATTCACCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCgggg > 1:3318021/1‑91 (MQ=255) cTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACGATTCAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAg < 1:3304452/91‑1 (MQ=255) ttCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGca > 1:144501/1‑91 (MQ=255) tCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGcac > 1:2888245/1‑91 (MQ=255) cTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGcaca > 1:3900143/1‑91 (MQ=255) cTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGcaca > 1:2151801/1‑91 (MQ=255) aaaTAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATAAGTAAGCGGGGAGCACaaa > 1:2979838/1‑91 (MQ=255) aataatTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAAc > 1:2438939/1‑91 (MQ=255) ataatTTTAGTATGGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAGCTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACg < 1:4146797/91‑1 (MQ=255) ataatTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACg > 1:1496052/1‑91 (MQ=255) aatTTTAGTATGGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAGCTATGTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCt < 1:4039283/91‑1 (MQ=255) aatTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCt > 1:3323886/1‑91 (MQ=255) atTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCtt < 1:3911007/91‑1 (MQ=255) atTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCtt > 1:3617297/1‑91 (MQ=255) ttttAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTtc > 1:1706156/1‑91 (MQ=255) ttttAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTtc > 1:1704093/1‑91 (MQ=255) aGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCg > 1:307017/1‑91 (MQ=255) aGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCg > 1:3355718/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |